1847
Ora che Vandevelde lo ha nominato contabile-tesoriere a Saint-Louis, per de Smet inizia un nuovo capitolo meno avventuroso. È profondamente ferito dall'intervento inaspettato di Roothaan. Una cosa è certa: non manterrà segreti gli indiani e le missioni sulle Montagne Rocciose. È incaricato con zelo raddoppiato di raccogliere denaro per provvedere alle sue missioni. Per cominciare, De Smet pubblica un secondo libro sul suo lavoro missionario nelle Montagne Rocciose: Oregon Missions & Travels over the Rocky Mountains in 1845-46.
Come procuratore, padre Charles Elet fu chiamato a Roma per rendere conto di due anni di attività lì. A Saint-Louis i gesuiti hanno ancora bisogno di nuove forze. Pierre-Jean è incaricato di trovarli in Europa e così viaggia con Elet nel vecchio continente.
Arrivano in Belgio in primavera. Dopo una breve visita alla famiglia De Smet, accompagna padre Elet a Parigi. Fece un breve ritiro e poi si recò a Roma. C'è un'intervista con Roothaan.
In Europa si respira aria di rivoluzione ed è difficile convincere la gente a diventare missionari, tuttavia Charles Elet riesce a convincere il fratello Jean-Antoine a seguirlo negli Stati Uniti.
Nel frattempo, la conversione degli indiani Flathead sembra di nuovo superficiale. Dopo la stagione della caccia, voltano in massa le spalle alla loro nuova religione. Sono delusi dal fatto che padre Point abbia dato anche l'arma segreta agli indiani Blackfoot! Anche il loro capo Victor non riesce più a convincere gli indiani dissidenti dalla testa piatta ad ascoltare i missionari. Nel frattempo, padre Point è andato in Canada e quindi ha dovuto abbandonare i suoi 1.100 indiani Blackfoot convertiti. Il lavoro missionario indiano ha toccato il fondo dell'abisso quando il 29 novembre, a Waiilatpu, sulle rive del Walla-Walla, i missionari protestanti Marcus e Narcissa Whitman e altri undici residenti della missione sono stati brutalmente assassinati dagli indiani Cayuse in rivolta. . Il Waiilatpu Missionary Post esiste da undici anni. Henry Spalding, inviato protestante presso gli indiani Nez-Perces, afferma che i gesuiti sono indirettamente responsabili di questa faccenda. I missionari cattolici, suggerisce, userebbero gli indiani dell'Oregon per combattere la diffusione delle credenze protestanti.
1848
3 aprile De Smet ed Elet lasciano la Francia per New York. Comunque, hanno 5.000 dollari in tasca. Gli dei del tempo tornano a presentare il loro immancabile spettacolo nell'Oceano Atlantico settentrionale e devono sopportare il mal di mare fino allo sbarco al molo di New York. Arrivati lì scoprono che l'Europa è sottosopra. Con l'allontanamento di Luigi Filippo soffia un vento rivoluzionario e anticlericale che si farà sentire in luoghi lontani come Roma, Napoli, Berlino, Vienna e Praga. Molti sacerdoti stanno fuggendo dall'Europa.
De Smet prolunga un po' la sua permanenza a New York per accogliere i fuggitivi e aiutarli. Questa volta sta viaggiando sulla nuova via d'acqua che attraversa principalmente i Grandi Laghi. Dopo una visita alle Cascate del Niagara, è tornato a Saint-Louis il 4 luglio. Lì apprende che nel frattempo Elet è stato nominato viceprovinciale dei gesuiti del Missouri. È un colpo di fortuna perché il nuovo viceprovinciale tiene in grande considerazione l'impegno di De Smet. Elet autorizza De Smet a mantenere la sua promessa del 1846 di andare a parlare con i terribili Sioux.
De Smet prende la barca per Bellevue (vicino a Council Bluffs). Alla foce del Platte De Smet riesce a raggiungere un piccolo gruppo dell'American Fur Company cavalcando verso la regione dei fiumi Niobrara e White. Fa un caldo tremendo e la carovana è costantemente attaccata da sciami di zanzare. Per sei giorni non incontrano anima viva, ma lungo il fiume Nobrara incontrano un folto gruppo di indios Ponca. All'inizio sono piuttosto ostili, ma non impiegano molto a fumare la pipa della pace. Conoscono la reputazione di Robe Noire e migliaia di indiani ascoltano attentamente ciò che De Smet ha da dire loro. I commercianti di pellicce si fermarono temporaneamente a Fort Pierre, ma De Smet voleva spingersi ulteriormente nell'interno del paese. Assume Colin Campbell come guida e interprete e insieme si mettono in viaggio verso ovest verso le sorgenti del Niobrara e del Bianco. Seguono un sentiero nelle Black Hills che corre parallelo al ramo sud del fiume Cheyenne. De Smet attraversa le Mauvaises Terres (Bad-Lands) nel South Dakota occidentale e descrive un luogo dove si trovano grandi scheletri di animali preistorici.
Venticinque giorni dopo la sua partenza da Bellevue, de Smet arrivò a un campo di cacciatori bruciati e Ogallala Sioux. Questi sono veri selvaggi! Sfilano con gli scalpi di 32 indiani Omaha assassinati di recente. Gli assassini ricevono una forte ovazione. Ma De Smet cerca di far sentire meglio questi indiani assetati di sangue. Per un mese spiega loro i valori cristiani. C'è il suo primo incontro con Red Fish (un capo degli Ogallala, vedi 1863). Durante una delle loro scorribande, gli Ogallala erano penetrati nel paese dei Corvi e durante una tregua avevano rapito la figlia di Pesce Rosso. Red Fish implora De Smet di aiutarlo a riaverla. Promette di pregare per lei se Red Fish corregge il suo modo di vivere. Pochi giorni dopo, la ragazza appare nel campo. Una notte riuscì a scappare con l'aiuto di una donna sconosciuta. Le stanno ancora dietro, ma dopo aver corso per sei giorni e sei notti consecutive, ha trovato il suo villaggio. Red Fish ritiene che De Smet abbia compiuto un piccolo miracolo. Alla fine di ottobre, De Smet lasciò gli indios Brûlés, promettendo di tentare di procurare loro un missionario. Dista 2.400 chilometri da Saint-Louis. Assumi due rematori e vai in canoa lungo il Missouri. Al largo di Council Bluffs soffia un vento tempestoso. La temperatura scende bruscamente e il fiume gela. De Smet riesce ad affittare un carro da un contadino. A Saint-Joseph perde l'ultima barca a Saint-Louis. La insegue immediatamente. Poiché deve fermarsi per portare legna da ardere, riesce a raggiungerlo e il piano funziona. Ancora una volta arriva sano e salvo a Saint-Louis.
1849
Van de Velde viene nominato a un incarico importante a Chicago, ed Elet nomina De Smet assistente viceprovinciale e procuratore. L'incarico non è facile perché Saint-Louis è oggi a capo di 200 gesuiti, l'Università di Saint-Louis con i suoi 200 studenti, il noviziato di Florissant, i collegi di Bardstown, Louisville, Cincinnati e altre dieci città meno importanti. Due anni fa la direzione dei gesuiti della Louisiana è stata trasferita alla provincia di Lione, ma i gesuiti dell'Oregon continuano sotto la tutela di Saint-Louis (fino a Roma e poi a Torino nel 1851).
Inoltre, le missioni di Osage e Potawatomi esistono ancora in Kansas, dove servono dieci missionari. All'inizio degli anni '40, Christian Hoecken e Félix Verreydt lasciarono la missione di Saint-Joseph di Council-Bluffs per il nuovo territorio di Potawatomis a Sugar-Creek, a sud di Westport. Risiede in particolare un altro piccolo gruppo di Potawatomis sotto la guida di un prete bretone di nome Petit che succedette ai missionari Badin (New Orleans) e Deseille (Bruges). Le Suore del Sacro Cuore vi installarono una piccola scuola. Nel 1848 questi sfortunati indiani furono spinti più a ovest. La piccola scuola ei missionari continueranno.
Hoecken, Duerinck, Gaillard e Dumortier fondarono per loro la Mission Sainte-Marie in Kansas. De Smet assicura che il governo degli Stati Uniti paghi loro il sostegno finanziario promesso. Più a sud, a Neosho, l'olandese padre Schoenmakers e il fiammingo padre Bax crearono la missione Saint-François de Hieronymo. Schoenmakers vi risiedette dal 1847 al 1887. Anche il sostegno finanziario a queste missioni faceva parte delle preoccupazioni di De Smet. Da queste missioni si stabilirono contatti con Peoria, Miami, Seneca, Crees e persino con gli indiani Sioux. All'età di 33 anni, padre Bax morirà in un'epidemia di vaiolo.
De Smet può contare su molti benefattori belgi: il conte di Meeûs, la contessa di Aspremont, il conte di Mérode e persino il duca di Brabant (futuro Leopoldo II). Grazie ad una gestione ben ordinata, De Smet riesce a migliorare sensibilmente la situazione finanziaria della provincia. In noviziato, De Smet strinse amicizia con padre Bouchard, il cui nome indiano era Watomika Pied Rapide, figlio di Kistalwa, un indiano delaware, e Marie Boucharde, una francese partita durante la Rivoluzione dall'Alvernia per Nuovo mondo. Bouchard ha lavorato per trent'anni nella missione di San Francisco e ha mantenuto una regolare corrispondenza con De Smet.
L'anno è catastrofico per la città di Saint-Louis. Un incendio ha distrutto 27 navi e bruciato cinquecento case. Per dare il tocco finale al disastro, scoppiò un'epidemia di colera. Questa epidemia fece non meno di duecento vittime. Il 1849 fu anche l'anno di un'altra febbre, la corsa all'oro che provocò una vera e propria transumanza. Nel giro di due anni, più di 80.000 coloni, per lo più uomini, partirono frettolosamente e impreparati per l'ovest, spesso a piedi. Le conseguenze non si fanno attendere. San Francisco, un sonnolento piccolo porto di 500 persone nel 1848, vide la sua popolazione salire a 25.000 nel 1850. Con l'aumento della domanda arrivò un'ondata di intensa inflazione nei territori della costa occidentale. Tutti i prezzi salgono alle stelle e compaiono problemi di finanziamento nelle stazioni missionarie delle Montagne Rocciose. Joseph Joset affida la guida della missione a padre Michael Accolti. Ancora una volta, Roothaan incolpa de Smet. Dal 1840 al 1846 avrebbe compiuto una cattiva gestione finanziaria, più grave: avrebbe disobbedito ai suoi voti di povertà! De Smet non accetta i rimproveri e confuta l'avvertimento di Roothaan. Intanto Accolti ha deciso, senza attendere l'approvazione di Roma, di andare con alcuni chierici a cercare l'oro in California. Roothaan si arrabbia quando lo scopre.
Nelle vicinanze di Sainte-Marie svernano ogni anno un numero maggiore di cacciatori e commercianti. Questi tipi barbuti hanno una cattiva influenza sugli indiani Flathead. I missionari e gli indiani diventano estranei l'uno all'altro e, dopo la stagione di caccia, la maggior parte dei Flathead decide di voltare definitivamente le spalle a Sainte-Marie. Spostano intenzionalmente il loro accampamento fuori dalla terra della missione. Né Mengarini né Chief Victor possono cambiare idea.
La Compagnia della Baia di Hudson si trasferì a Fort Vancouver. La sua sede si trova ora sull'isola di Vancouver, nella città di Victoria.
De Smet soffre gravemente di reumatismi.
1850
A causa del continuo dolore, De Smet si è limitato ai viaggi indispensabili per l'amministrazione della viceprovincia.
Saint-Louis conta oggi 80.000 abitanti.
Accolti decide di chiudere la prima missione di De Smet, la riduzione tra gli Indiani Flathead, Sainte-Marie sul fiume Bitter Root. Alla fine dell'anno, Mengarini si reca nella Willamette Valley e Antonio Ravalli a Coeurs-d'Alêne. I gesuiti vendettero gli edifici della missione a un certo maggiore John Owen. Owen è un agente per gli affari indiani e un commerciante locale per gli indiani. Lo renderà forte. Mengarini, Nobili e De Vos partono per la California per crearvi una nuova missione. (De Vos morì a Santa Clara il 23 settembre 1886).