1837
Durante i quattro anni di assenza di Pierre-Jean, Saint-Louis è cresciuto molto. Raddoppiò il numero degli abitanti (15.000) ei coloni francesi e spagnoli persero la loro supremazia. La popolazione comprende ora 6.000 immigrati tedeschi.
Sotto la guida esperta di Elet e grazie alla presenza di molti rinomati educatori come padre Vandevelde, l'Università di Saint-Louis riscuote un grande successo. La biblioteca universitaria ha migliaia di libri. L'aiuto finanziario belga ha anche sostenuto notevolmente le parrocchie di Florissant e Saint-Charles. Diverse opere di maestri fiamminghi sono addirittura appese alle pareti del noviziato. Ci sono non meno di 61 gesuiti attivi nella missione.
Il Congresso degli Stati Uniti ha approvato un piano per deportare 200.000 indiani dagli Stati Uniti orientali a ovest. Ricevono una nuova casa oltre il Mississippi. Allo stesso tempo, Roma ha autorizzato la creazione di missioni tra questi indiani sfollati. Padre Van Quickenborne ha recentemente lavorato per qualche tempo con loro (Iowas e Osages). L'anno precedente si stabilì con Christian Hoecken e tre fratelli conversi vicino ai Kickapoos nel nord del Kansas. La vita è dura lì. La salute di padre Van Quickenborne ne risentì e fu portato a Portage-des-Sioux vicino a Florissant per morirvi il 17 agosto. Padre Verreydt collabora con Christian Hoecken per aiutarlo con i Kickapoos. Il giudizio della maggioranza dei gesuiti sul comportamento degli indios rimane sempre negativo. Sono infedeli, ribelli, ladri, pigri e schiavi del bere. La sfiducia reciproca è reciproca. Un anno dopo, i kickapoo hanno finalmente voltato le spalle alla loro missione di seguire l'esempio degli indiani delle pianure e diventare di nuovo liberi cacciatori.
Nonostante tutto, i gesuiti del Missouri non si arresero e decisero di installare una seconda missione alla foce del Nebraska. Un gran numero di indiani Potawatomi vive lì dopo essere stato costretto a lasciare le aree intorno a Chicago, nel Michigan. Ricevettero una nuova residenza lungo il Missouri, non lontano dalla foce del Nebraska (il Platte), e si accamparono in cima a Council Bluffs, proprio di fronte all'attuale città di Omaha. Da tempo i Potawatomi chiedono aiuto. Durante i mesi estivi padre Verreydt e fratel Mazelli cercano di avvicinarli per esaminare la possibilità di iniziare una missione nella loro casa.
1838
Il 26 gennaio De Smet scrive una lettera dalla quale si evince che sperava ardentemente di vedersi affidare quest'opera. Il suo desiderio coincise con quello di padre Verhaegen e il 2 maggio De Smet partì sul piroscafo Howard attraverso il Missouri per il suo nuovo incarico missionario. Il 10 maggio, padre Felix Verreydt e fratello John Mazelli lo stavano aspettando a Fort Leavenworth. L'Howard avendo tutti i tipi di problemi tecnici, i passeggeri furono trasferiti al Wilmington. Il Missouri è un fiume difficile da navigare, disseminato di ostacoli, isolotti, banchi di sabbia e secche. Pochi abitanti lungo le rive. Il fiume scorre tra alte scogliere con grotte oscure, attraverso fitte foreste o sconfinate steppe, meglio conosciute come la prateria. La corrente è forte. Per avanzare, una nave deve avere un pescaggio sufficiente e piena potenza. Ci stiamo perennemente avvicinando al pericolo di secche, ostacoli invisibili o un'esplosione di caldera. Quando la nave si ferma per fare rifornimento (questo richiede di tagliare la legna), De Smet visita gli indiani locali: gli Iowa, i Sauk, gli Oto.
Dopo un viaggio di 29 giorni, sono sbarcati sulle rive del lago Manawa, un canale laterale che si dirama dal Missouri. Là rimasero con 2.000 indiani che li aspettavano con indifferenza. Il loro capo, William (Billy) Caldwell, un uomo di razza mista di origini irlandesi, accolse i missionari e offrì loro tre capanne nelle vicinanze del suo accampamento, quattro miglia più a nord. De Smet ei suoi compagni accettano con gratitudine l'invito. Una di queste capanne era stata occupata un anno prima dal colonnello Stephen Watts Kearny durante una campagna per proteggere i 3.000 Potawatomi giunti dall'Indiana e dall'Illinois dagli attacchi dei loro vicini, i temibili indiani Sioux. Il territorio in cui i Potawatomi sono costretti a stabilirsi è nell'Iowa occidentale, terreno di caccia dei Sioux, che preferirebbero vedere gli invasori altrove.
Fu costruita una capanna di tronchi per servire come chiesa della missione. Accanto alla Iglesia de San José i missionari stanno costruendo altre capanne. De Smet si rende presto conto che i Potawatomi hanno dei difetti. Sono piuttosto pigri che stanchi, mantengono diverse mogli, giocano d'azzardo e sono schiavi del bere. De Smet prende subito in mano la penna. Va al governo degli Stati Uniti, ma la leadership dei gesuiti annacqua la sua pretesa contro il commercio di liquori. A volte diverse centinaia di indiani si ammalano contemporaneamente. Non hanno una difesa acquisita contro le malattie portate dagli europei, e quando c'è un'epidemia il numero delle vittime è enorme. De Smet ritiene che lo sporco sia la causa principale di questo stato di cose. Nasce una piccola scuola e ben presto una trentina di bambini frequentano regolarmente le lezioni. I Pawnee-Wolves e gli Omaha visitano i missionari. In effetti, vivono tutti nel deserto. Durante i mesi invernali, i missionari dovevano usare armi da fuoco per proteggersi dagli orsi aggressivi e dai lupi affamati.
(Il posto della missione era all'incirca all'angolo tra Pierce Street e Union Street in quello che oggi è Council Bluffs.)
1839
Dopo l'inverno, quando il ghiaccio del Missouri si scioglie, le navi possono di nuovo viaggiare verso ovest sul Missouri. Il 20 aprile arriva una nave per rifornire la missione. Ma all'attracco e sotto gli occhi di de Smet, affondò con attrezzature per un valore di oltre $ 1.000 a bordo. Una sega, un aratro, un paio di stivali e un po' di vino, è tutto ciò che De Smet può risparmiare.
I Potawatomi sono regolarmente minacciati da altri indiani. Gli Oto, i Pawnee ei Sioux raccolgono i loro scalpi. Sono soprattutto i terribili indiani Sioux che periodicamente rivendicano vittime tra i Potawatomi. Secondo Bill Caldwell, De Smet decide di cercare il nemico, gli Yankton Sioux. Partì per la St-Peter dell'American Fur Company (AFC) verso la foce del fiume Vermilion. A bordo conobbe gli esploratori Joseph Nicollet e John Frémont, e anche il botanico tedesco Charles Geyer. A causa della bassa marea, dei forti venti contrari, delle secche e di altri ostacoli, il viaggio verso la foce del Vermilion dura 12 giorni.
Gli Yankton Sioux ascoltano educatamente ciò che De Smet vuole dire loro. Supplica i suoi indiani Potawatomi e gli Yankton accettano le sue proposte di pace. Due rematori yankton riportano De Smet a Council Bluffs. Ma al suo arrivo sembra che i Potawatomi abbiano commesso più di cento omicidi tra di loro, tutti sotto l'influenza del maledetto chiaro di luna venduto loro da molti bianchi inconsapevoli. Ad agosto De Smet non ce la fa più. Stai pensando di chiudere la missione.
Il 18 settembre si è presentata la quarta e ultima delegazione dei Flathead. È composto da Ignace La Mousse e Pierre Gaucher, due indiani cattolici Flathead. Vengono dalle Montagne Rocciose e stanno andando a Saint-Louis per ordinare una Robe Noire. De Smet consegna loro una lettera per padre Verhaegen.
Al loro arrivo, Rosati e Verhaegen promettono di inviare un missionario ai Flathead. Pierre Gaucher parte immediatamente per portare la buona notizia ai Flathead. Ignace La Mousse trascorrerà l'inverno presso la missione Kickapoos in Kansas. La primavera successiva guiderà i missionari in Occidente. Con Gaucher è inteso che incontreremo i gesuiti a fine giugno sulle rive del fiume Verde o Verde. Ogni anno vi viene organizzato un incontro di cacciatori, commercianti di pellicce e indiani.