1834
All'inizio di gennaio la barca a vela raggiunge il continente europeo. Dopo essere atterrato a Le Havre De Smet, ha raggiunto il giovane belga il prima possibile. Il 6 gennaio ha avuto un primo colloquio con il P. Provinciale Van Lil. Due giorni dopo, riesce finalmente a vedere la sua città natale, Dendermonde.
Che strana sensazione essere a casa dopo 14 anni! Ci sono stati cambiamenti nel frattempo. La sedia di suo padre è vuota. Sua sorella maggiore, Rosalie, che era caduta nel ruolo di madre del minore, è sposata con Charles Van Mossevelde, ei suoi fratelli Charles e François sono entrati in magistratura.
De Smet visita i parenti dei gesuiti rimasti a Saint-Louis. Ha poi contattato molti benefattori, Pierre de Nef de Turnhout, commerciante di vini e produttore di tessuti, l'arcivescovo di Mechelen, il rettore De Ram dell'Università cattolica di Lovanio, il vescovo Van Bommel e Madame de Theux. Visita Namur, Mons, Tournai e Bruxelles. A Enghien, un prete locale lo mise sulle tracce di una preziosissima biblioteca agostiniana. Lo compra per l'Università di Saint-Louis. Va a Erps-Querbs, Aarschot, Montaigu, Diest, Zandhoven e Anversa. Ovunque riceve sussidi. Poi va a Lille, Arras e Amiens. In Francia acquista un laboratorio completo e una collezione di minerali. Torna in Belgio via Kortrijk per rivedere Van Lil e portare avanti il progetto di fusione. La provincia belga dei gesuiti con i suoi 150 religiosi trova ancora un po' ambizioso questo progetto di fusione con il lontano Missouri. De Nef, che sponsorizza un seminario, ha intanto convinto 5 reclute, tra cui Pierre Verheyden, di Dendermonde, e Charles Huet, di Courtrai. Durante il soggiorno del missionario in Belgio fu eseguito il dipinto che oggi si trova nel museo della città di Dendermonde. Dopo aver raccolto fondi per nove mesi, ha raccolto $ 60.000.
Dopo l'estate sarebbe ora di tornarci, ma dopo tutta la sua attività in Europa, De Smet non ha recuperato del tutto le forze. In ottobre partì per Anversa per prepararsi al viaggio. Trasporta 50 scatole con indumenti, materiale liturgico, dipinti, libri, strumenti e altre attrezzature scientifiche. Dopo un soggiorno di 10 mesi, De Smet stenta a vedere il momento di doversi separare nuovamente dalla sua famiglia. Anche questa volta non trova niente di meglio che andarsene senza dirlo a nessuno.
Il 30 ottobre scrive un'ultima lettera ai suoi fratelli e sorelle e due giorni dopo, il 1° novembre, lascia Anversa con le sue nuove reclute e il loro prezioso carico sul brigantino Agenoria diretto alla lontana America. . Il 3 novembre erano al largo di Vlessingue ed entrarono in mare, ma al largo della costa del Kent infuriava la tempesta e de Smet soffriva di mal di mare così grave che dovette essere sbarcato a Deal. La nausea era così violenta che soffriva di una grave emorragia interna. È in pericolo mortale! Due medici si alternano nella cura di lui giorno e notte. Il capitano dell'Agenoria attende due giorni che si riprenda, ma quando i medici gli suggeriscono che la sua guarigione richiederà almeno 14 giorni, il capitano decide di proseguire il viaggio. Alle reclute non resta che partire senza Pierre-Jean, cosa che faranno sotto la direzione di Verheyden. Al largo di Terranova, l'Agenoria ha perso un altro intero mese a causa dei venti sfavorevoli. Non è stato fino al 23 dicembre che la nave è arrivata sana e salva a New York.
Non appena De Smet è trasportabile, si trasferisce in una città vicina per trovare una sistemazione più economica. L'11 novembre riesce a camminare un po' e tre giorni dopo si reca a Londra dove viene ospitato da un sacerdote, Jean Nerinckx, fratello di Charles Nerinckx. I medici inglesi gli consigliano di non andare a vivere sul duro sull'orlo della ferocia. De Smet deduce che la sua vita è un fallimento. Diventa depresso, ma Nerinckx riesce a fargli rivivere il coraggio. Il 24 novembre si può partire per il Belgio.
Tornò a Dendermonde dove i medici belgi gli consigliarono una lunga convalescenza. De Smet fu così sconfitto dalla sua debolezza che chiese al suo superiore, Jean-Philippe Roothaan, di permettergli di dimettersi dall'ordine dei Gesuiti.
1835
A fine marzo Roothaan accetta le dimissioni di De Smet. Sta pensando di diventare sacerdote secolare, ma la sua esperienza lo ha reso un missionario e per il ordinario lavoro parrocchiale non è nel suo elemento. Di nuovo è un po' scoraggiato. Il vescovo di Gand lo nominò contabile di un orfanotrofio e confessore dei conventi carmelitani di Bruxelles e Dendermonde. I carmelitani di Dendermonde progettano di riaprire il loro convento ad Aalst. Il suo convento fu chiuso ai tempi di José II. De Smet li aiuterà e cercherà un edificio adatto con padre De Vos. Infine, viene acquistato il vecchio convento dell'Annunciazione (oggi Rue Haute 19), e così il 2 agosto 1836 viene ristabilito il convento del Carmelo ad Aalst.
De Smet rimase anche in corrispondenza con la missione del Missouri. Raccogli fondi per lei. I missionari del Missouri comunicano attraverso di essa con la provincia belga dei Gesuiti. Verhaegen, succeduto a de Theux come provinciale, non perse la speranza di unire le due province. De Nef incoraggia sempre l'assunzione di nuovi elementi. Così, il 23 settembre, De Smet ha condotto sette giovani al porto di Anversa da dove avrebbero dovuto imbarcarsi per il viaggio verso gli Stati Uniti. De Smet corrispondeva anche con i seminari di Bar-le-Duc e Bréda e preparava giovani seminaristi che intendevano partire per gli Stati Uniti.
1836
De Smet si sente un po' meglio e desidera ogni giorno di più tornare nel Missouri. Chiede a Roothaan di essere reintegrato nell'Ordine. Roothaan è insolitamente d'accordo, soprattutto perché c'è una grave carenza di missionari a Saint-Louis. Il Papa affidò ai gesuiti la responsabilità di tutte le stazioni missionarie a ovest del Mississippi ea nord del Messico.
In segreto, senza dirlo alla sua famiglia, De Smet prepara il suo nuovo inizio. Questa volta partirà da Le Havre per gli Stati Uniti con quattro missionari. Una delle reclute è Arnold Damen. Lungo la strada, De Smet ha accusato di nuovo la febbre alta, al punto che ha dovuto aspettare 8 giorni a Parigi. Non appena la febbre si placa, il piccolo gruppo parte per Le Havre. Ma al porto torna la febbre e all'imbarco De Smet decide con grande disgusto di lasciare andare da soli i quattro giovani. Ma è ora o mai più e, in extremis, fa uno sforzo disperato per raggiungere la nave che ha appena lasciato il molo. Chiede a una piccola barca di raggiungerlo. Il tentativo va a buon fine, De Smet può ancora essere preso in carico. La sua fortuna aumenta, perché durante il viaggio la sua salute migliora di giorno in giorno e le temute vertigini lo colpiscono molto meno.
Alla fine di ottobre, appena un mese dopo aver lasciato Le Havre il 26 settembre, apparve il porto di New York. Tre settimane dopo, Pierre-Jean è entrato nuovamente nel noviziato di Florissant e il 29 novembre il nostro missionario è stato riammesso nell'ordine dei Gesuiti da padre Verhaegen, Provinciale del Missouri.