1855
De Smet viaja a Kentucky y Ohio, visita a sus colegas en Chicago, Milwaukee y Cincinnati, y también se queda por un tiempo en Filadelfia, Baltimore, Nueva York y Washington.
El gobernador del Territorio de Washington, Isaac Stevens, presionó mucho para quitarles gran parte de sus tierras a las tribus indígenas del noroeste y enviarlas a reservas. Por su propia iniciativa concluye tratados con ellos, tratados que luego serán impugnados violentamente. Para proteger los intereses de los indios, los jesuitas de la Misión de Oregón participan en estas deliberaciones. Antonio Ravalli aconseja a los indios que acepten las propuestas de los blancos, sabiendo que de lo contrario serían expulsados por la fuerza.
El general William Harney busca vengarse de los sioux que violan cada vez más el Tratado de Laramie. A mediados de septiembre sorprendió a un pequeño grupo de Burned Sioux cerca de Ash Hollow. El campamento del jefe Little Thunder a lo largo de Blue Water Creek está completamente saqueado.
1856
Cuando los indios de Yakima toman plena conciencia de lo que significan para ellos los acuerdos hechos con Stevens, se rebelan en masa. Antonio Ravalli logra persuadir a sus indios para que no se unan a la oposición.
La Universidad de St. Louis ahora tiene más de trescientos estudiantes. En septiembre De Smet viaja a Europa.
1857
En julio, De Smet regresa a los Estados Unidos con siete reclutas.
En octubre, Estados Unidos se hundió en una depresión económica. En Saint-Louis, muchos bancos quebraron, la actividad de construcción se detuvo, muchas fábricas cerraron y los barcos quedaron inactivos. Las personas que han perdido su trabajo se vuelven agresivas. Es hora de encontrar un chivo expiatorio. Para distraer a la gente de sus preocupaciones, del descalabro financiero y del creciente desacuerdo entre el Norte y el Sur sobre la abolición de la esclavitud, se despierta su desacuerdo latente sobre la forma de vida inconformista de los mormones. Para monitorear el éxito de estos, buscamos incorporar aún más su estado libre Deseret. En octubre, tres mil soldados escoltan a un gobernador designado por Estados Unidos para el futuro territorio cercano a Salt Lake City. El líder mormón Brigham Young dice que es una provocación flagrante. Un ejército mormón frena la invasión imposibilitando el abastecimiento al grupo armado. Atacan el convoy, secuestran todos los caballos, mulas y ganado y prenden fuego a los carros. Se ordena al general Harney que reemplace la fuerza invasora con tropas frescas, brinde protección al nuevo gobernador y restaure el orden en Salt Lake City. Harney es un luchador empedernido. Trató con los indios en Florida, Texas y Nuevo México y hace dos años infligió una severa derrota a los Sioux-Brûlés del Alto Missouri. Como las tres cuartas partes de su ejército son católicos, necesita un capellán católico.
El 14 de diciembre, el capitán John Mullan, de camino a Washington, visitó a De Smet en Saint-Louis. Trae un mensaje triste. El superior de Sainte-Marie en Kansas, el padre Duerinck, primo de De Smet que se dirigía a Saint-Louis, se ahogó en Missouri.
1858
De Smet desafía la nieve y el hielo para visitar la misión de Sainte-Marie. En abril todavía hay malas noticias: el 10 de abril muere en Washington DC el aliado político de De Smet, Thomas Hart Benton.
Beckx entiende que vincular las misiones de California y Oregón fue un error garrafal. Desde Santa Clara, el padre Congiato difícilmente puede hacerse una idea de la situación en las Montañas Rocosas. Oregón ahora tendrá una dirección separada.
Cuando se descubre oro en el Noroeste, los blancos no se apegan a las convenciones anteriores. Azotados por la pasión por el oro, penetran ilegalmente en las tierras de los indios, en particular en la reserva de Colville. Los indios están furiosos y esta vez los clérigos no logran detenerlos.
En mayo, Harney le pidió a De Smet que lo acompañara como capellán en la expedición militar a Deseret (Utah). Presumiblemente, mientras tanto, a De Smet también le disgustaron los mormones y preferiría ver desaparecer a estos competidores de los Estados Unidos. Entre los jesuitas de Saint-Louis, la situación ha evolucionado lo suficiente como para que De Smet pueda liberarse aún más. Acepta la invitación de Harney porque así puede estar cerca de los indios del noroeste. Cuando concluya la tarea, quizás pueda salir de Utah para visitar sus misiones e incluso crear una nueva misión entre los Blackfoot. El provincial Murphy autoriza a De Smet a servir como capellán. El 15 de mayo, De Smet es instalado oficialmente en su cargo por el Secretario de Guerra. Durante el viaje a Leavenworth en el Crepúsculo, De Smet conoce a Henry A. Boller por primera vez. Alrededor del 15 de junio, De Smet deja Leavenworth, Kansas, y se dirige al oeste con las tropas de Harney. Tiene una carpa para confesar y decir misa. A lo largo del Platte habla con indios de encuentro, pawnees, sioux y cheyennes. Se da cuenta de que desde su último viaje se han construido muchas granjas e incluso pueblos. El legendario camino al oeste, el Oregon Trail, está sembrado de cadáveres de carros de lona, esqueletos, ropa desgarrada y todo tipo de muebles desechados. Tres semanas más tarde y media milla de distancia, donde la vía se cruza con South Platte, se advierte a Harney que los mormones han cesado toda oposición y que el nuevo gobernador acaba de ser instalado. Recibe la orden de dar marcha atrás. Para la expedición, todo lo que queda es dar la vuelta. Al regresar a Saint-Louis De Smet ofrece su renuncia, pero hay problemas en el Noroeste y Harney recibe la orden de ir allí también para restablecer la paz. Por lo tanto, De Smet permanece temporalmente en el cargo.
Durante quince años los indios del Noroeste se adaptaron relativamente bien. Muchos indios se han convertido en granjeros, y con éxito. La cosecha es buena, los molinos están girando y cada año se cultivan nuevos campos. La paz, sin embargo, es frágil. La fiebre del oro ha atraído a una masa de aventureros al oeste. Entre los inmigrantes de Estados Unidos, México, Perú, Chile, las Islas Sandwich (Hawái) y Europa, hay mucha gente de bolsa y cuerda. En California campan a sus anchas una gran cantidad de desertores, ladrones y asesinos. A través del norte de California, una atmósfera fuera de la ley llegó a los Territorios del Noroeste (ahora Oregon, Washington, Idaho y Montana). Los indios allí son un blanco fácil para los matones blancos y son empujados cada vez más hacia las montañas. A veces los colonos pagan a los indios por sus tierras, sus caballos, sus pieles, pero más a menudo existe la sensación de que el único indio bueno es el indio muerto. Al igual que en California, en el Noroeste toma la apariencia de un genocidio organizado, y en Oregón y el estado de Washington indios inconvenientes son asesinados descaradamente. Pagamos por los cueros cabelludos, y tanto los niños como los ancianos son el objetivo. Los manantiales y los alimentos están envenenados. Distribuimos ropa infectada de viruela. Frecuentemente a los indios se les paga con agua de fuego (alcohol de mala calidad). En diez años la población india cayó de cien mil a treinta mil. Los buscadores de oro invaden el país de los Cayus, los Walla-Wallas, los Nez-Percé, los Yakimas y los Spokanes. Las llamadas reducciones están bajo la misma presión. La misión de Saint-Paul cerca de Fort Colville erigida en 1845 por el padre De Vos está irremediablemente perdida. Los Kettles venden sus tierras a los blancos y empiezan a beber. A fines de 1858, Vercruysse y Ravalli se dieron por vencidos y se trasladaron con algunos fieles a la misión entre los indios Cœurs d'Alêne. Hasta el Sagrado Corazón del Padre Joset está sumido en la vergüenza. Para los Cayuses, Nez-Percés, Yakimas y Palooses, el jarrón está a rebosar. Esta vez entran en la revuelta. En la primavera de 1858, el coronel Edward Steptoe llegó al valle de Willamette para restaurar firmemente la paz en los alrededores de Fort Colville. De camino al fuerte, atraviesa la tierra de los pacíficos indios Coeurs-d'Alêne. Ignorando las protestas del padre Joset, Steptoe las provoca. Aceptan el desafío y matan a dos oficiales y varios soldados. Los estadounidenses tocan la retirada, abandonando su equipaje y un cañón. Después de este incidente, el desastre de Steptoe, estalla la revuelta. Los indios se creen invencibles y aquí está Estados Unidos en guerra contra los indios del Noroeste.
El 20 de septiembre, el pequeño ejército de Harney se embarcó en el buque de guerra Star of the West partiendo de Nueva York hacia Panamá. El 29 de septiembre, tres horas de tren los trajeron del Océano Atlántico al Pacífico. El 2 de octubre parten en barco hacia California en compañía de 1.300 buscadores de oro. Al llegar a San Francisco el 16 de octubre, Harney se enteró de que la guerra en el estado de Washington casi había terminado. Dos enfrentamientos, uno en agosto y otro en septiembre, encabezados por el coronel Wright fueron suficientes para poner de rodillas a los rebeldes Spokanes y Coeurs-d'Alêne. De Smet residió en la sede de los jesuitas en California y una vez más se familiarizó con la ciudad de San Francisco, que crecía rápidamente. El 20 de octubre, toda la expedición de Harney navegó más hacia la desembocadura del Columbia. El 23 de octubre ascienden las turbulentas aguas del caudaloso río y un día después deliberan en Fort Vancouver. Después de su derrota los indios quieren a toda costa obtener la paz. Los rebeldes estaban listos para entregar a los indios que tienen las manos ensangrentadas y también para entregar rehenes. Wright no alarga las cosas. Cuando llegó Harney, ya había encarcelado a los once líderes principales de la insurgencia y tenía como rehenes a 33 prisioneros en Fort Walla-Walla. De Smet se ofreció a partir como mensajero hacia el territorio de los indios, para pasar allí el invierno e informar en la primavera. Los Coeurs-d'Alêne viven a 600 kilómetros de Fort Vancouver. El 29 de octubre, De Smet se fue con un intérprete a Fort Walla-Walla. El primero de noviembre llegó a Dalles City. Luego continúa su viaje en una ambulancia del ejército. Pasó las desembocaduras de los ríos Deschutes, John Day y Umatilla, y el 10 de noviembre llegó a Fort Walla-Walla. Allí se encuentra con el padre Congiato y el coronel Wright con los indios rehenes. De Smet se ofrece a tomar los rehenes bajo su custodia. Wright se opone a esta propuesta, pero el comandante de Fort Walla-Walla comprende el sentido común de la oferta y los deja ir. Los rehenes liberados sirven como guías y aseguran que De Smet sea especialmente bien recibido por las tribus rebeldes. En tres días, el pequeño grupo va desde Fort Walla-Walla hasta las orillas del lago Coeur d'Alêne. Por el brazo norte del río Coeur d'Alêne llegaron el 21 de noviembre a la Misión del Sagrado Corazón. Aquí los padres Gregory Cazzoli y Louis Vercruysse, así como el hermano François Huybrechts, son responsables de varias familias de Coeurs d'Alêne. Para De Smet es un momento conmovedor: ¡después de doce años finalmente ha regresado a la misión que tanto esperaba! Lo que ve no lo defrauda. Los Padres se han superado a sí mismos. Entre las casas hay una bonita iglesia. Junto a los campos y prados hay establos, e incluso hay un molino de agua. ¡No se puede perder! De Smet está decidido a hacer lo imposible para volver a poner a los Indios en el camino correcto. Pasa el invierno en la misión y en Navidad celebra la misa de medianoche. Escribe una carta a Harney y le propone ir a Fort Vancouver con algunos jefes indios para concluir allí una paz definitiva.
1859
Después del Sagrado Corazón De Smet desea visitar las otras misiones. Quiere ir a los Kalispels, a los Pends-d'Oreilles, y también a su primera misión, Sainte-Marie, en el valle de Bitterroot, donde todavía residen muchas familias Flathead. Quiere ver St. Ignatius, un puesto misionero que nunca ha visto y que se estableció hace cinco años en Mission Valley. Mission Valley está a unas pocas millas al norte de Sainte-Marie. El invierno no ha terminado y eso significa un duro viaje en canoa por el río Clark. Después de 22 días apenas hizo los primeros 160 kilómetros. En Saint-Ignace todo está bien como siempre. El padre Adrien Hoecken se encargó de que los dos mil indios conversos se mantuvieran al margen del conflicto. En Mission Valley, De Smet espera la confirmación de que Harney se está apegando a su plan. Los Kootenai también vienen a visitar a De Smet. En las cercanías de Sainte-Marie, todavía hay muchos indios Flathead y los más viejos entre ellos todavía lamentan la partida de Mengarini, a quien han buscado en vano por todas partes después de su partida. En abril, De Smet persuadió a los jefes de Pends-d'Oreille, Kalispels, Têtes-Plates, Coeurs-d'Alêne, Yakimas, Spokanes (incluido el rebelde rebelde Kamiakin), para que lo siguieran y se reunieran con Harney.
16 de mayo De Smet parte hacia Fort Vancouver con nueve jefes. Viaje difícil que durará más de un mes. En algunos lugares la capa de nieve alcanza los dos metros, la mayoría de los ríos son muy altos y los grandes bosques están salpicados de árboles caídos que bloquean el camino. A duras penas lograron salir de las montañas nevadas para llegar el 13 de mayo a Fort Walla-Walla. Después de cinco días de descanso, De Smet parte solo hacia Fort Vancouver. En Fort Walla-Walla, el agente de los Flatheads, John Owen, trata a los indios con altivez y, una noche, Kawiakin se marcha. Cuando Harney se entera, la estúpida actitud de Owen lo enfurece. Mientras tanto llegan los jefes en turno a Fort Vancouver, para que la reunión pueda comenzar el 28 de mayo. Todo va según lo planeado. Los indios se quedan allí durante tres días. Harney promete reservarles un territorio entre las Montañas Rocosas, las Montañas Bitterroot y el río Kootenai. La reserva estaría bajo el liderazgo de los jesuitas y protegida por los Estados Unidos. Aparentemente, De Smet tenía la confianza del general Harney, ya que siguió el sabio consejo del misionero. Pero el gobierno de Washington piensa diferente. Como es costumbre, el Gobernador del Territorio de Washington, Isaac Stevens, conversó en su nombre con los indígenas Umatilla, Yakima, Nez-Perces y Coeurs-d'Alêne. Serán los acuerdos de Stevens los que serán confirmados por el Departamento de Guerra.
Los soldados permiten que De Smet haga el viaje de regreso por tierra. El 15 de junio salió de Fort Vancouver con los parlamentarios indios. Sigue el río Columbia río arriba, cruza el desierto de Spokane para pasar por el brazo norte del río Coeur d'Alene hasta la Misión del Sagrado Corazón. De allí va con el Padre Congiato a St. Ignatius of Mission Valley, por un camino nuevo y difícil. El 7 de julio llegaron a la misión del Sagrado Corazón en Coeurs-d'Alênes. Cruzan las montañas Bitterroot hacia Saint-Ignace des Têtes-Plates. El 22 de julio parten con un par de guías indios para hacer los últimos 320 kilómetros hacia Fort Benton. El 26 de julio cruzaron la cuenca continental y luego descendieron por el río Sun hasta su desembocadura cerca de las Great Missouri Falls. Allí conocen al padre Hoecken y al hermano Magri. El 29 de julio, Congiato y De Smet llegaron a Fort Benton, donde Hoecken había erigido la misión de Saint-Pierre para Blackfoot.
De Smet pensó en ir a caballo a Saint-Louis, pero las arduas subidas por las montañas agotaron por completo a las pobres bestias. No queda otra solución que alquilar un bote de remos con su tripulación. De Smet parte con tres remeros y un piloto. El Missouri serpentea a través de la interminable pradera. Aquí y allá hay rocas o un bosque. Cuando cae la noche, a veces acampan a orillas del Misuri, pero más a menudo eligen una isla o un banco de arena porque el peligro nunca está lejos. La bajada del Missouri es rápida, hacen de 80 a 130 kilómetros diarios. Afortunadamente, los lobos hambrientos, los agresivos osos pardos y los astutos pumas no están cerca de ellos. En el camino se encuentran con los indios Crow y otros. El 18 de agosto De Smet visita a los indios Assiniboin cerca de Fort Union, y el 22 de agosto a Hidatsa y Mandan cerca de Fort Berthold. Aquí está el anfitrión de Henry Boller. El 24 de agosto visitó los Arikaras cerca de Fort Clark. El 1 de septiembre fue el anfitrión de los sioux en las cercanías de Fort Pierre y el 8 de septiembre tuvo una reunión con el coronel Munroe cerca de Fort Randall. Es el 9 de septiembre cuando se encuentran con el primer barco de vapor en la ciudad de Omaha. Soy Tom E. Tudd. De Smet paga un pasaje para hacer más cómodamente y sobre todo de forma más protegida los últimos mil kilómetros hasta Saint-Louis. Llega allí el 23 de septiembre. Visita al Dr. Moses Linton y agrega sus aventuras al diario del médico. En dos años, De Smet ha vuelto a recorrer 24.000 kilómetros.
El padre Joset restablece la misión cerca de Fort Colville. El padre Hoecken asciende por el río Sun en una nueva misión para Blackfoot: Saint-Pierre.