1847
Ahora que Vandevelde lo ha nombrado contador-tesorero en Saint-Louis, comienza un capítulo nuevo pero menos aventurero para De Smet. Está profundamente herido por la inesperada intervención de Roothaan. Una cosa es segura: no dejará en secreto a los indios y las misiones de las Montañas Rocosas. Se encarga con redoblado celo de la colecta de dinero para suplir sus misiones. Para comenzar, De Smet publica un segundo libro sobre su trabajo misionero en las Montañas Rocosas: Oregon Missions & Travels over the Rocky Mountains in 1845-46.
Como apoderado, el padre Charles Elet fue llamado a Roma para dar cuenta de dos años de actividad allí. En Saint-Louis los jesuitas todavía necesitan fuerzas frescas. Pierre-Jean se encarga de encontrarlos en Europa y así viaja con Elet al viejo continente.
Llegan a Bélgica en primavera. Después de una breve visita a la familia De Smet, llevó al Padre Elet a París. Hizo un breve retiro y luego viajó a Roma. Hay una entrevista con Roothaan.
En Europa se respira una revolución y es difícil convencer a la gente para que se convierta en misioneros, sin embargo Charles Elet logra persuadir a su hermano Jean-Antoine para que lo siga a los Estados Unidos.
Mientras tanto, la conversión de los indios Flathead vuelve a parecer superficial. Después de la temporada de caza, dan la espalda en masa a su nueva religión. ¡Están desilusionados por el hecho de que Father Point también entregó el arma secreta a los indios Blackfoot! Incluso su jefe Víctor ya no consigue que los indios cabeza plana disidentes escuchen a los misioneros. Mientras tanto, el padre Point se fue a Canadá y, por lo tanto, tuvo que abandonar a sus 1100 indios Blackfoot convertidos. La obra misionera entre los indios llegó al fondo del abismo cuando el 29 de noviembre, en Waiilatpu, a orillas del Walla-Walla, los misioneros protestantes Marcus y Narcissa Whitman y otros once habitantes de la misión fueron brutalmente asesinados por indios Cayuse sublevados. . El Puesto Misionero de Waiilatpu existe desde hace once años. Henry Spalding, enviado protestante a los indios Nez-Perces, afirma que los jesuitas son indirectamente culpables de este asunto. Los misioneros católicos, insinúa, usarían a los indios de Oregón para luchar contra la expansión de las creencias protestantes.
1848
3 de abril De Smet y Elet parten de Francia hacia Nueva York. De todos modos, tienen $ 5,000 en sus bolsillos. Los dioses del clima vuelven a presentar su inevitable espectáculo en el Océano Atlántico Norte y deben soportar el mareo hasta que desembarcan en el muelle de Nueva York. Llegados allí se enteran de que Europa está patas arriba. Con la destitución de Louis-Philippe sopla un viento revolucionario y anticlerical que se dejará sentir en lugares tan lejanos como Roma, Nápoles, Berlín, Viena y Praga. Muchos sacerdotes están huyendo de Europa.
De Smet extiende un poco su estadía en Nueva York para recibir a los fugitivos y ayudarlos. Esta vez viaja por la nueva vía fluvial que pasa en su mayor parte por los Grandes Lagos. Después de una visita a las Cataratas del Niágara, regresó a Saint-Louis el 4 de julio. Allí se entera de que, mientras tanto, Elet ha sido nombrado viceprovincial de los jesuitas de Missouri. Es un golpe de suerte porque el nuevo viceprovincial tiene en estima el compromiso de De Smet. Elet autoriza a De Smet a cumplir su promesa de 1846 de ir a hablar con los terribles sioux.
De Smet toma el barco a Bellevue (cerca de Council Bluffs). En la desembocadura del Platte De Smet logra unirse a un pequeño grupo de la American Fur Company que cabalga hacia la región de los ríos Niobrara y White. Hace un calor espantoso y la caravana es atacada constantemente por enjambres de mosquitos. Durante seis días no se encuentran con un alma viviente, pero a lo largo del río Nobrara se encuentran con un gran grupo de indios poncas. Al principio son bastante hostiles, pero no tardan en fumar la pipa de la paz. Conocen la reputación de Robe Noire y miles de indios escuchan con atención lo que De Smet tiene que contarles. Los comerciantes de pieles se detuvieron temporalmente en Fort Pierre, pero De Smet quería penetrar más en el interior del país. Contrata a Colin Campbell como guía e intérprete y parten juntos hacia el oeste, hacia las fuentes del Niobrara y el Blanco. Siguen un sendero hacia Black Hills que corre paralelo al brazo sur del río Cheyenne. De Smet cruza las Mauvaises Terres (Bad-Lands) en el oeste de Dakota del Sur y describe un lugar donde hay grandes esqueletos de animales prehistóricos.
Veinticinco días después de su partida de Bellevue, De Smet llegó a un campamento de cazadores quemados y sioux ogallalas. ¡Estos son verdaderos salvajes! Desfilan con los cueros cabelludos de 32 indios de Omaha asesinados recientemente. Los asesinos reciben una fuerte ovación. Pero De Smet intenta que estos indios sedientos de sangre vuelvan a sentirse mejor. Durante un mes les explica los valores cristianos. Ahí está su primer encuentro con Red Fish (un jefe de los Ogallalas, ver 1863). Durante una de sus incursiones, los Ogallalas habían penetrado en el país de los Cuervos y durante una tregua habían secuestrado a la hija de Red Fish. Red Fish le ruega a De Smet que lo ayude a recuperarla. Él promete orar por ella si Red Fish corrige su forma de vida. Unos días después, la niña aparece en el campamento. Una noche pudo escapar con la ayuda de una mujer desconocida. Todavía la persiguen, pero después de correr durante seis días y noches seguidas, ha encontrado su aldea. Red Fish cree que De Smet ha logrado un pequeño milagro. A fines de octubre, De Smet dejó a los indios Brûlés, prometiendo tratar de conseguirles un misionero. Dista 2400 kilómetros de Saint-Louis. Contrata a dos remeros y navega en canoa por el Misuri. A la altura de Council Bluffs sopla un viento tormentoso. La temperatura desciende bruscamente y el río se congela. De Smet logra alquilar un carro de un granjero. En Saint-Joseph pierde el último barco a Saint-Louis. Inmediatamente sale en su persecución. Como éste tiene que parar para cargar leña, logra alcanzarlo y el plan sale bien. Una vez más llega sano y salvo a Saint-Louis.
1849
Van de Velde es designado para un puesto importante en Chicago y Elet nombra a De Smet asistente viceprovincial y procurador. El cargo no es fácil porque Saint-Louis ahora tiene a su cargo 200 jesuitas, la Universidad de Saint-Louis con sus 200 estudiantes, el noviciado de Florissant, los colegios de Bardstown, Louisville, Cincinnati y otras diez localidades menos importantes. Hace dos años se transfirió la dirección de los jesuitas de Luisiana a la provincia de Lyon, pero los jesuitas de Oregón siguen bajo la tutela de Saint-Louis (hasta que en 1851 Roma y más tarde Turín se encargan de ello).
Además, todavía existen las misiones Osage y Potawatomi en Kansas, donde ejercen diez misioneros. A principios de la década de 1940, Christian Hoecken y Félix Verreydt dejaron la misión de Saint-Joseph de Council-Bluffs por el nuevo territorio de los Potawatomis en Sugar-Creek, al sur de Westport. Allí reside en particular otro pequeño grupo de potawatomis bajo la dirección de un padre bretón llamado Petit que sucedió a los misioneros Badin (Nueva Orleans) y Deseille (Brujas). Las Hermanas del Sagrado Corazón instalaron allí una pequeña escuela. En 1848, estos desafortunados indios fueron empujados aún más hacia el oeste. La escuelita y los misioneros seguirán.
Hoecken, Duerinck, Gaillard y Dumortier establecieron para ellos la misión Sainte-Marie en Kansas. De Smet asegura que el gobierno de EE. UU. les paga el apoyo financiero prometido. Más al sur, en Neosho, el padre holandés Schoenmakers y el padre flamenco Bax crean la misión Saint-François de Hieronymo. Schoenmakers residió allí desde 1847 hasta 1887. El apoyo financiero de estas misiones también fue parte de las preocupaciones de De Smet. A partir de estas misiones se establecieron contactos con los indios Peoria, Miami, Senecas, Crees e incluso con los Sioux. A la edad de 33 años, el padre Bax perecerá en una epidemia de viruela.
De Smet puede contar con muchos benefactores belgas: el conde de Meeûs, la condesa de Aspremont, el conde de Mérode e incluso el duque de Brabante (futuro Leopoldo II). Gracias a una gestión bien ordenada, De Smet logra mejorar significativamente la situación financiera de la provincia. En el noviciado, De Smet estableció lazos de amistad con el Padre Bouchard, cuyo nombre indio era Watomika Pied Rapide, hijo de Kistalwa, un indio de Delaware, y Marie Boucharde, una francesa que durante la Revolución partió de Auvernia hacia el nuevo Mundo. Bouchard trabajó durante treinta años en la misión de San Francisco y mantuvo correspondencia regular con De Smet.
El año es catastrófico para la ciudad de Saint-Louis. Un incendio destruyó 27 barcos y redujo a cenizas quinientas casas. Para poner el broche de oro al desastre, estalló una epidemia de cólera. Esta epidemia cobró no menos de doscientas víctimas. El año 1849 fue también el año de otra fiebre, la fiebre del oro que provocó una verdadera trashumancia. En dos años, más de 80.000 colonos, en su mayoría hombres, partieron hacia el oeste a toda prisa y sin preparación, a menudo a pie. Las consecuencias no se hacen esperar. San Francisco, un pequeño y tranquilo puerto de 500 habitantes en 1848, vio crecer su población con fuerza a 25.000 habitantes en 1850. Con el aumento repentino de la demanda, se produjo una ola de intensa inflación en los territorios de la costa oeste. Todos los precios se disparan y aparecen problemas de financiación en las estaciones misioneras de las Montañas Rocosas. Joseph Joset entrega la conducción de la misión al Padre Michael Accolti. Una vez más, Roothaan culpa a De Smet. Éste habría llevado de 1840 a 1846 una mala gestión financiera, más grave: ¡habría desobedecido sus votos de pobreza! De Smet no acepta los reproches y refuta la advertencia de Roothaan. Mientras tanto, Accolti ha decidido, sin esperar la aprobación de Roma, ir con algunos clérigos a buscar oro en California. Roothaan echa humo cuando se entera.
En las inmediaciones de Sainte-Marie cada año invernan un mayor número de cazadores y comerciantes. Estos tipos barbudos ejercen una mala influencia sobre los indios Flathead. Los misioneros y los indios se vuelven extraños entre sí, y después de la temporada de caza, la mayoría de los Flathead deciden darle la espalda a Sainte-Marie para siempre. Intencionalmente mueven su campamento fuera de la tierra de la misión. Ni Mengarini ni el jefe Victor pueden cambiar de opinión.
La Compañía de la Bahía de Hudson se mudó a Fort Vancouver. Su sede se encuentra ahora en la isla de Vancouver en la ciudad de Victoria.
De Smet sufre mucho de reumatismo.
1850
A causa del continuo dolor, De Smet se limitó a los viajes imprescindibles para la administración de la viceprovincia.
Saint-Louis ahora tiene 80.000 habitantes.
Accolti decide cerrar la primera misión de De Smet, la reducción entre los Flathead Indians, Sainte-Marie en el río Bitter Root. A finales de año, Mengarini viaja al valle de Willamette y Antonio Ravalli a Coeurs-d'Alêne. Los jesuitas vendieron los edificios de la misión a un tal mayor John Owen. Owen es un agente de asuntos indios y comerciante local para los indios. Él lo hará fuerte. Mengarini, Nobili y De Vos parten hacia California para crear allí una nueva misión. (De Vos murió en Santa Clara el 23 de septiembre de 1886).