1837
Pendant les quatre années d'absence de Pierre-Jean, Saint-Louis a beaucoup grandi. Le nombre d'habitants a doublé (15.000) et les colons français et espagnols ont perdu leur suprématie. La population comprend maintenant 6.000 immigrants allemands.
Sous la direction experte d'Elet et grâce à la présence de nombreux éducateurs réputés comme le Père Vandevelde, l'université de Saint-Louis est un grand succès. La bibliothèque de l'université compte des milliers de livres. L'aide financière belge a aussi beaucoup soutenu les paroisses de Florissant et de Saint-Charles. Aux murs du noviciat pendent même plusieurs œuvres de maîtres flamands. Il n'y a pas moins de 61 Jésuites actifs dans la mission.
Le Congrès américain a approuvé un plan de déportation de 200.000 Indiens de l'Est des États-Unis vers l'Ouest. Ils reçoivent un nouveau chez eux au-delà du Mississipi. En même temps Rome a autorisé la création de missions auprès de ces Indiens déplacés. Le Père Van Quickenborne a récemment travaillé quelque temps auprès d'eux (Iowas et Osages). L'année antérieure il s'est fixé avec Christian Hoecken et trois frères laïques près des Kickapoos au nord du Kansas. La vie y est dure. La santé du Père Van Quickenborne en a été affectée et il s'est transporté à Portage-des-Sioux près de Florissant pour y mourir le 17 août. Le Père Verreydt rejoint Christian Hoecken pour l'aider chez les Kickapoos. L'opinion de la plupart des Jésuites sur la conduite des Indiens est encore toujours négative. Ils ne méritent pas confiance, sont rebelles, voleurs, paresseux et esclaves de la boisson. La méfiance mutuelle est réciproque. Un an plus tard les Kickapoos tournent définitivement le dos à la mission pour suivre l'exemple des Indiens des Prairies et redevenir des chasseurs libres.
Malgré tout, les Jésuites du Missouri ne renoncent pas et décident d'installer un deuxième poste de mission à l'embouchure du Nebraska. Un grand nombre d'Indiens Potawatomis vivent là après avoir été forcés d'abandonner les alentours de Chicago, au Michigan. Ils ont reçu le long du Missouri, pas loin de l'embouchure du Nebraska (la Platte), une nouvelle résidence et campent dans le haut de Council Bluffs, juste en face de l'actuelle ville de Omaha. Depuis quelque temps déjà les Potawatomis demandent de l'assistance. Pendant les mois d'été le Père Verreydt et le Frère Mazelli cherchent à les approcher pour examiner la possibilité de commencer une mission chez eux.
1838
Le 26 janvier De Smet écrit une lettre dont il ressort qu'il espère ardemment être chargé de cette œuvre. Son souhait coïncide avec celui du Père Verhaegen et le 2 mai De Smet part sur le bateau à vapeur Howard par le Missouri vers son nouveau poste de mission. Le 10 mai le Père Félix Verreydt et le Frère John Mazelli l'attendent à Fort Leavenworth. Le Howard ayant toutes sortes de problèmes techniques, les passagers sont transbordés sur le Wilmington. Le Missouri est une rivière où la navigation est difficile, il est parsemé d'obstacles, îlots, bancs de sable et hauts-fonds. Peu d'habitants le long des rives. La rivière court le long de hautes falaises avec de sombres grottes, à travers d'épaisses forêts ou de la steppe sans fin, mieux connue comme la prairie. Le courant est fort. Pour avancer un bateau doit avoir un tirant d'eau suffisant et pousser sa puissance au maximum. On frôle perpétuellement le danger des hauts-fonds, des obstacles invisibles, ou de l'explosion de la chaudière. Quand le bateau stoppe pour faire le plein de combustible (il faut pour cela couper du bois), De Smet visite les Indiens de l'endroit: les Iowas, les Sauks, les Otos.
Après un voyage de 29 jours, ils débarquent sur la plage du lac Manawa, un canal latéral dérivé du Missouri. On leur a laissé là 2000 Indiens qui les attendent avec indifférence. Leur chef William (Billy) Caldwell, un demi-sang d'ascendance irlandaise, souhaite la bienvenue aux missionnaires et leur offre trois huttes dans le voisinage de son camp, à six kilomètres plus au nord. De Smet et ses compagnons acceptent l'invitation avec des remerciements. Une de ces huttes a été un an plus tôt occupée par le colonel Stephen Watts Kearny au cours d'une campagne pour protéger les 3000 Potawatomis venus de l'Indiana et de l'Illinois contre les attaques de leurs voisins, les redoutables Indiens Sioux. Le territoire où les Potawatomis sont forcés de s'établir se trouve dans l'ouest de l'Iowa. C'est le terrain de chasse des Sioux, et ceux-ci préféreraient voir les envahisseurs ailleurs.
Une cabane de bûches est construite pour servir d'église à la mission. À côté de l'église Saint-Joseph les missionnaires construisent encore d'autres cabanes. De Smet remarque rapidement que les Potawatomis ont quelques insuffisances. Ils sont plutôt paresseux que fatigués, entretiennent plusieurs femmes, jouent, et sont esclaves de la boisson. De Smet prend immédiatement la plume. Il s'adresse au gouvernement américain, mais la direction des Jésuites édulcore sa réclamation contre le commerce de l'alcool. Parfois les Indiens sont plusieurs centaines à être malades en même temps. Ils n'ont pas de défense acquise contre les maladies que les Européens ont apportées, et lorsqu'il y a une épidémie le nombre de victimes est énorme. De Smet pense que c'est la saleté qui est la principale cause de cet état de choses. Il démarre une petite école et bientôt une trentaine d'enfants assistent régulièrement aux leçons. Les Pawnees-Loups et les Omahas visitent les missionnaires. Ils vivent tous réellement dans le désert. Pendant les mois d'hiver les missionnaires doivent employer des armes à feu pour se protéger des ours agressifs et des loups affamés.
(Le poste de la mission se trouvait approximativement au coin de la rue Pierce et de la rue de l'Union de l'actuel Council Bluffs.)
1839
Après l'hiver, quand la glace du Missouri est brisée, les navires peuvent de nouveau remonter le Missouri en direction de l'ouest. Le 20 avril un navire vient approvisionner la mission. Mais au moment d'accoster et sous les yeux de De Smet il coule avec plus de 1000 dollars de matériel à bord. Une scie, une charrue, une paire de bottes et un peu de vin, c'est tout ce que De Smet peut sauver.
Les Potawatomis sont régulièrement menacés par d'autres Indiens. Les Otos, les Pawnees et les Sioux collectionnent leurs scalps. Ce sont surtout les terribles Indiens Sioux qui font périodiquement des victimes parmi les Potawatomis. D'accord avec Bill Caldwell, De Smet décide de rechercher l'ennemi, les Yankton Sioux. Il part sur le St-Peter de l'American Fur Company (AFC) vers l'embouchure de la rivière Vermillon. À bord il fait la connaissance des explorateurs Joseph Nicollet et John Frémont, et aussi du botaniste allemand Charles Geyer. À cause des basses eaux, de forts vents contraires, de bancs de sable et d'autres empêchements, le voyage jusqu'à l'embouchure du Vermillon dure 12 jours.
Les Yankton Sioux écoutent poliment ce que De Smet veut leur raconter. Il plaide pour ses Indiens Potawatomis et les Yankton acceptent ses propositions de paix. Deux rameurs Yanktons reconduisent De Smet en canoë jusqu'à Council Bluffs. Mais à son arrivée il apparaît que les Potawatomis ont commis entre eux plus de cent meurtres, tous sous l'influence de la maudite eau de feu qui leur a été vendue par de nombreux Blancs sans conscience. En août De Smet ne le supporte plus. Il envisage la fermeture de la mission.
Le 18 septembre se présente la quatrième et dernière délégation des Têtes Plates. Elle est composée d'Ignace La Mousse et Pierre Gaucher, deux Indiens Têtes Plates catholiques. Ils viennent des Montagnes Rocheuses et sont en route vers Saint-Louis pour demander un Robe Noire. De Smet leur donne une lettre pour le Père Verhaegen.
À leur arrivée Rosati et Verhaegen promettent d'envoyer un missionnaire aux Têtes Plates. Pierre Gaucher part immédiatement apporter la bonne nouvelle aux Têtes Plates. Ignace La Mousse passera l'hiver à la mission des Kickapoos au Kansas. Au printemps suivant il guidera les missionnaires vers l'Ouest. Avec Gaucher il est entendu qu'on rencontrera les Jésuites à la fin de juin au bord de la rivière Verte ou le Green. Un rendez-vous des trappeurs, des commerçants de peaux et des Indiens est organisé là annuellement.