1855
De Smet reist naar Kentucky en Ohio, bezoekt de colleges van Chicago, Milwaukee en Cincinnati, en verblijft ook een tijdje in Philadelphia, Baltimore, New York en Washington.
De gouverneur van het Washington Territory, Isaac Stevens, oefent zware druk op de indianenstammen in het noordwesten uit om grote delen van hun land af te staan en in reservaten te gaan leven. Op eigen houtje sluit hij verdragen met ze af, verdragen die later fel betwist zullen worden. Om de belangen van de indianen te beschermen nemen de jezuïeten van de Oregon Mission deel aan dat overleg. Antonio Ravalli raadt de indianen aan om de voorstellen van de blanken te accepteren, in het besef dat ze anders met geweld verwijderd zullen worden.
Generaal William Harney neemt wraak op de Sioux indianen die het verdrag van Laramie steeds vaker met de voeten treden. In het midden van september verrast hij een groepje Brulé Sioux indianen in de buurt van Ash Hollow. Het kamp van Little Thunder langs de Blue Water Creek wordt volledig uitgeroeid.
1856
Wanneer de Yakima indianen ten volle beseffen wat de verdragen die ze met Stevens afgesloten hebben betekenen, komen ze massaal in opstand. Antonio Ravalli kan zijn indianen in het noordwesten overreden om zich niet bij het verzet aan te sluiten.
De universiteit van St.-Louis telt nu meer dan 300 studenten. In september reist De Smet naar Europa.
1857
In juli komt De Smet terug in de Verenigde Staten met 7 rekruten.
In oktober zakt de V.S. weg in een economische depressie. In St.-Louis falen een aantal banken, de bouwactiviteit valt stil, veel fabrieken sluiten en de schepen liggen er werkeloos bij. De mensen die hun werk verliezen worden agressief. Het is tijd voor een zondebok. Om de aandacht af te leiden van het financieel débacle en van de toenemende onenigheid tussen Noord en Zuid over het al dan niet afschaffen van de slavernij (abolitionisme), wordt de latente aversie tegen de onconformistische levenswijze van de mormonen aangewakkerd. Om het succes van de mormonen te controleren willen de Amerikanen hun vrijstaat Deseret inlijven. In oktober escorteren 3.000 soldaten een door de V.S. aangestelde gouverneur voor het geplande territorium naar Salt Lake City. De leider van de Mormonen, Brigham Young, spreekt van een regelrechte provocatie. Een mormonenleger brengt de invasie tot stilstand door de bevoorrading van het Amerikaans expeditieleger onmogelijk te maken. Ze overvallen het konvooi, nemen alle paarden, muilezels en vee mee en steken de wagens in brand. Generaal Harney krijgt de opdracht om met verse troepen de belegerde invasiemacht te ontzetten, de nieuwe gouverneur te beschermen en in Salt Lake City orde op zaken te stellen. Harney is een geharde vechtjas. Hij heeft met de indianen in Florida, Texas en New Mexico afgerekend en 2 jaar geleden heeft hij de Brulé Sioux in de opper-Missouri een zware slag toegebracht. Omdat driekwart van zijn leger uit katholieken bestaat heeft hij een katholieke aalmoezenier nodig.
Op 14 december bezoekt kapitein John Mullan op weg naar Washington Pierre-Jean De Smet in St.-Louis. Hij heeft een trieste boodschap. De superieur van St.-Mary in Kansas, pater Duerinck (een neef van De Smet), is op weg naar St.-Louis in de Missouri rivier verdronken.
1858
De Smet trotseert sneeuw en ijs om de St.-Mary missie te bezoeken. In april is er opnieuw slecht nieuws. Op 10 april is zijn politieke bondgenoot, Thomas Hart Benton, in Washington D.C. overleden.
Beckx ziet in dat het samenvoegen van het missiewerk in Californië en Oregon een flater is. Pater Congiato kan zich vanuit Santa Clara moeilijk een beeld vormen van de toestand in de Rockies. Oregon krijgt voortaan een apart bestuur.
Wanneer in het noordwesten goud ontdekt wordt, houden de blanken zich niet aan de eerder gemaakte afspraken. Opgezweept door de goudkoorts dringen ze illegaal het land van de indianen binnen (o.m. het Colville reservaat). De indianen zijn woedend en deze keer kunnen de geestelijken hen niet in bedwang houden.
In mei vraagt Harney De Smet hem als aalmoezenier op de militaire expeditie naar Deseret (Utah) te vergezellen. De Smet heeft blijkbaar intussen ook een hekel aan de mormonen gekregen en ziet deze concurrenten liefst uit de V.S. verdwijnen. Bij de jezuïeten is de toestand in St.-Louis intussen zodanig geëvolueerd dat De Smet zich wat meer kan vrijmaken. Hij accepteert de uitnodiging van Harney, omdat hij op die manier in de buurt van de indianen in het noordwesten kan komen. Wanneer de klus geklaard is kan hij misschien vanuit Utah zijn missies nog eens bezoeken en misschien zelfs een nieuwe missie bij de Blackfoot oprichten. De provinciaal Murphy geeft De Smet de toelating om als aalmoezenier dienst te nemen. Op 15 mei wordt De Smet door de Secretary of War officiëel aangesteld. Tijdens de reis met de Twilight naar fort Leavenworth ontmoet De Smet voor het eerst Henry A. Boller. Rond 15 juni vertrekt De Smet met de troepen van Harney uit fort Leavenworth in Kansas naar het westen. De Smet beschikt over een tent om onderweg de biecht af te nemen en de mis op te dragen. Langs de Platte spreekt De Smet met voorbijtrekkende Pawnee, Sioux en Cheyenne indianen. De Smet noteert dat er intussen langs de Platte veel hoeves en zelfs een paar dorpjes gebouwd werden. De legendarische weg naar het westen, de Oregon Trail ligt bezaaid met kapotte wagens, skeletten, gescheurde kleding en allerlei weggeworpen huisraad. Drie weken later en 800 kilometer verder, op de plek waar het spoor de South Platte rivier kruist, bereikt Harney het bericht dat de mormonen alle verzet staken en dat de nieuwe gouverneur intussen reeds geïnstalleerd is. Harney krijgt het bevel om terug te keren en dus zit er voor de expeditie niets anders op dan rechtsomkeer te maken. Terug in St.-Louis biedt De Smet zijn ontslag aan, maar er zijn onlusten in het noordwesten en Harney krijgt de opdracht om ook daar de vrede te herstellen. En dus blijft De Smet voorlopig in dienst.
Gedurende 15 jaar hebben de indianen in het noordwesten zich redelijk goed aangepast. Veel indianen zijn succesvolle landbouwers geworden. De oogst is goed, er zijn molens en jaarlijks worden nieuwe akkers in gebruik genomen. De vrede is echter kwetsbaar. De goudkoorts heeft een massa avonturiers naar het westen gelokt. Tussen de immigranten uit de V.S., Mexico, Peru, Chili, de Sandwich Eilanden (Hawaï) en Europa zit veel uitschot. In Californië lopen een pak losgeslagen deserteurs, dieven en moordenaars rond. Via het noorden van Californië bereikt het klimaat van wetteloosheid ook de noordwestelijke gebieden (nu Oregon, Washington, Idaho en Montana). De indianen vormen er een makkelijk doelwit voor de blanke schurken. Ze worden steeds verder de bergen ingedreven. Soms betalen de kolonisten de indianen voor hun land, paarden en pelsen, maar meestal overheerst de gedachte dat de enige goede indiaan een dode indiaan is. Net zoals in Californië is er in het noordwesten sprake van georganiseerde genocide en dus worden ook in Oregon en in Washington de indianen die in de weg lopen schaamteloos uitgemoord. Voor scalpen wordt geld gegeven en zowel kinderen als ouderlingen worden als schietschijf gebruikt. Bronnen en voedsel worden vergiftigd. Met pokken besmette kledij wordt uitgedeeld. Veelal wordt met vuurwater (alcohol van slechte kwaliteit) betaald. Op 10 jaar tijd zakt de indiaanse bevolking er van 100.000 naar 30.000. Goudzoekers bezetten het land van de Cayuse, de Walla Walla, de Nez Percé, de Yakima en de Spokane. Ook de zogenaamde reducties komen onder druk. De in 1845 door pater De Vos voor de Kettle opgerichtte St.-Paul missie nabij fort Colville is reddeloos verloren. De Kettle verkopen hun land aan de blanken en vluchten in de drank. Op het eind van 1858 geven Vercruysse en Ravalli het uiteindelijk op en verhuizen met enkele getrouwen naar de missie bij de Coeur d'Alêne. Ook Sacred Heart van pater Joset komt in de knoei. Voor de Cayuse, Nez Percé, Yakima en Paloose is de maat vol. Deze keer gaan ze in het verzet. In de lente van 1858 komt kolonel Edward Steptoe in de vallei van de Willamette aan om de vrede rond fort Colville met harde hand te herstellen. Op weg naar het fort trekt hij door het land van de vredelievende Coeur d'Alêne indianen. Ondanks het protest van pater Joset, daagt Steptoe de Coeur d'Alêne uit. Die nemen de uitdaging aan en doden 2 officieren plus een aantal soldaten. De Amerikanen blazen de aftocht en laten hun bagage plus een kanon achter. Na dit incident, het Steptoe disaster, slaat de vlam in de pan. De indianen denken dat ze onoverwinnelijk zijn en de V.S. is in oorlog met de indianen van het noordwesten.
Op 20 september vertrekt het legertje van Harney met de SS Star of the West van New York naar Panama. Op 29 september reizen ze per trein op 3 uur van de Atlantische naar de Stille Oceaan. Op 2 oktober vertrekken ze per schip met 1.300 goudzoekers naar Californië. Bij hun aankomst op 16 oktober in San Francisco verneemt Harney dat de oorlog in Washington zo goed als voorbij is. Twee confrontaties, een in augustus en de andere in september, volstonden voor kolonel George Wright om de opstandige Spokane en Coeur d'Alêne indianen op de knieën te krijgen. De Smet verblijft in het hoofdkwartier van de jezuïeten in Californië en zodoende maakt hij nogmaals kennis met de snel groeiende stad San Francisco. Op 20 oktober stoomt het expeditieleger verder naar de monding van de Columbia. Op 23 oktober varen ze de turbulente monding van de machtige stroom op en een dag later plegen ze overleg in fort Vancouver. Na hun afstraffing wilden de indianen kost wat kost vrede. De opstandelingen waren bereid om de indianen die bloed aan hun handen hebben uit te leveren, plus een aantal gijzelaars. Wright liet er geen gras over groeien. Bij de aankomst van Harney heeft Wright reeds 11 opstandige leiders opgeknoopt en houdt hij nog 33 gijzelaars in fort Walla Walla gevangen. De Smet stelt voor om als boodschapper naar het gebied van de indianen te trekken, bij hen te overwinteren en in de lente verslag uit te brengen. De Coeur d'Alêne wonen op 640 kilometer van fort Vancouver. Op 29 oktober vertrekt De Smet met een tolk naar fort Walla Walla. Op 1 november bereikt hij Dalles City. Daar zet hij zijn reis verder in een legerambulance. Hij trekt voorbij de mondingen van de Deschutes, John Day en Umatilla rivieren en op 10 november bereikt hij fort Walla Walla. Daar ontmoet hij pater Congiato en kolonel Wright met zijn indiaanse gijzelaars. De Smet stelt voor om de gijzelaars onder zijn hoede te laten. Wright verzet zich tegen dat voorstel, maar de commandant van fort Walla Walla ziet de redelijkheid van het voorstel in en laat ze gaan. De bevrijde gijzelaars doen niet enkel dienst als gids, ze zorgen er ook voor dat De Smet bij de oproerige stammen meer dan welkom zal zijn. Op 3 dagen reist het groepje van fort Walla Walla naar de oevers van het Coeur d'Alêne meer. Aan de North Fork van de Coeur d'Alêne rivier bereiken ze op 21 november de Sacred Heart missie. Daar zorgen de paters Gregory Gazzoli en Louis Vercruysse met broeder François Huybrechts voor verschillende Coeur d'Alêne families. Voor De Smet is het een ontroerend moment, na 12 jaar is hij eindelijk terug in de missie waar hij zoveel van verwachtte ! Wat hij ziet stelt hem niet teleur. De paters hebben hun uiterste best gedaan. Tussen de huizen staat een mooie kerk. Tussen de velden en weilanden staan schuren en er is zelfs een watermolen. Dit mag niet verloren gaan ! Hij is vastbesloten om er alles aan te doen om de indianen terug op het rechte pad te zetten. De Smet overwintert in de Sacred Heart missie en met Kerstmis draagt hij er de middernachtmis op. De Smet schrijft een brief naar Harney met het voorstel om met een reeks opperhoofden naar fort Vancouver te reizen om er definitief vrede te sluiten.
1859
Na Sacred Heart wil De Smet ook de overige missies een bezoek brengen. In februari wil hij naar de Kalispels, de Pend d'Oreille en ook naar zijn eerste missie, St.-Mary, in de vallei van de Bitterroot rivier, waar nog veel Flathead families verblijven. Hij wil ook naar St.-Ignatius, een missiepost die hij nog nooit gezien heeft en 5 jaar eerder in Mission Valley gesticht werd. Mission Valley ligt enkele kilometers ten noorden van St.-Mary. Het is nog vroeg en het wordt een moeilijke reis per kano over de Clark rivier. Na 22 dagen heeft hij pas de eerste 160 kilometer afgelegd. In St.-Ignatius gaat alles zijn gewone gang. Pater Adriaan Hoecken heeft ervoor gezorgd dat de 2.000 bekeerde indianen buiten het conflict gebleven zijn. In Mission Valley wacht De Smet het goede nieuws dat Harney op zijn voorstel in wil gaan. Ook de Kootenai komen De Smet opzoeken. In de buurt van St.-Mary wonen nog veel Flathead indianen en de ouderlingen betreuren nog steeds het vertrek van Mengarini, die ze na zijn vertrek overal vruchteloos gezocht hebben. In april overtuigt De Smet de chefs van de Pend d'Oreille, de Kalispels, de Flathead, de Coeur d'Alêne, de Yakima en de Spokane (ook de onverzettelijke rebel Kamiakin) om hem naar Harney te volgen.
Op 16 april vertrekt De Smet met 9 opperhoofden naar fort Vancouver. Het wordt een moeilijke reis die meer dan een maand zal duren. De sneeuw ligt op sommige plaatsen 2 meter dik, in de meeste rivieren staat het water zeer hoog en de uitgestrekte wouden liggen bezaaid met omgevallen bomen die de doorgang blokkeren. Met veel moeite kunnen ze uit de besneeuwde bergstreken geraken om op 13 mei in fort Walla Walla aan te komen. Na 5 dagen rust reist De Smet alleen naar fort Vancouver. In fort Walla-Walla gedraagt de agent bij de Flathead indianen, John Owen, zich nogal hooghartig t.o.v. de achtergebleven indianen en op een nacht poetst Kamiakin de plaat. Wanneer Harney dat verneemt is hij woedend over de domme houding van Owen. Intussen zijn de opperhoofden ook in fort Vancouver aangekomen, zodat het overleg op 28 mei kan starten. Alles verloopt volgens plan. De indianen blijven er 3 dagen. Harney belooft hen een thuisland tussen de Rockies, de Bitterroot bergen en de Kootenai rivier. Het reservaat zou door de jezuïeten geleid en door de V.S. beschermd worden. De Smet heeft blijkbaar het vertrouwen van generaal Harney, want de generaal volgt de wijze raad van de missionaris op. Maar het bestuur in Washington denkt er anders over. Zoals gewoonlijk heeft de gouverneur van het Washington Territory, Isaac Stevens, intussen met de Umatilla, Yakima, Nez Percés en Coeur d'Alêne indianen op eigen houtje afspraken gemaakt. De afspraken van Stevens zullen door het War Department bekrachtigd worden.
Van de militaire overheid krijgt De Smet de toelating om over land terug te reizen. Op 15 juni vertrekt hij met de indiaanse onderhandelaars uit fort Vancouver. Hij volgt de Columbia stroomopwaarts, trekt door de Spokane woestijn om via de noordelijke arm van de Coeur d'Alêne rivier naar de Sacred Heart missie te reizen. Van daar trekt hij met Pater Congiato naar St.-Ignatius in Mission Valley, langs een nieuw, maar moeilijk pad. Op 7 juli bereiken ze de Sacred Heart missie bij de Coeur d'Alênes. Ze trekken over de Bitterroot bergen naar St.-Ignatius bij de Flathead. Op 22 juli vertrekken ze met een stel indiaanse gidsen voor de laatste 320 kilometer naar fort Benton. Op 26 juli rijden ze over de continental divide, waarna ze de Sun rivier tot aan de monding nabij de Great Falls van de Missouri volgen. Daar ontmoeten ze pater Hoecken en broeder Magri. Op 29 juli bereiken Congiato en De Smet fort Benton, waar Hoecken de St.-Peter missie voor de Blackfoot opgericht heeft.
De Smet was van plan om te paard naar St.-Louis te rijden, maar de zware bergtochten hebben de arme dieren totaal uitgeput. Er zit niets anders op dan een bemande roeiboot te huren. De Smet vertrekt met 3 roeiers plus een loods. De Missouri baant zich een weg door de eindeloze prairie. Hier en daar zijn er rotsen of is er een bos. Wanneer het donker wordt kamperen ze soms langs de oevers van de Missouri, maar meestal verkiezen ze een eiland of een zandbank in de rivier zelf, want het gevaar is nooit ver weg. De tocht gaat snel, tegen 80 à 130 kilometer per dag varen ze de Missouri af. Gelukkig blijven de hongerige wolven, de agressieve grijze beren en de verraderlijke poema's uit hun buurt. Onderweg komen ze Crow en andere indianen tegen. Op 18 augustus bezoekt De Smet de Assiniboin indianen bij fort Union. Op 22 augustus de Hidatsa en Mandan bij fort Berthold. Daar is hij te gast bij Henry Boller. Op 24 augustus bezoekt hij de Arikara bij fort Clark. Op 1 september is hij te gast bij de Sioux in de buurt van fort Pierre en op 8 september heeft hij in fort Randall een ontmoeting met kolonel Munroe. Pas op 9 september komen ze ter hoogte van Omaha City de eerste stoomboot tegen. Het is de Thom E. Tudd. De Smet koopt zich een plaatsje om de laatste 1.000 kilometer naar St.-Louis in meer comfortabele en vooral beschermde omstandigheden af te leggen. Zodoende arriveert De Smet op 23 september in St.-Louis. Hij bezoekt er Dr. Moses Linton en noteert zijn wedervaren in het dagboek van de dokter. Op 2 jaar tijd heeft De Smet weer 24.000 kilometer afgelegd.
Pater Joset start de missie bij fort Colville opnieuw op. Aan de Sun rivier richt pater Hoecken voor de Blackfoot een nieuwe missie op : St.-Peter.