1841
Verhaegen stemt toe in het oprichten van een volwaardige missie in de Rockies onder de leiding van De Smet. Maar waar moet het geld vandaan komen ? Geen nood, De Smet drukt een paar duizend pamfletten en organiseert een succesvolle collecte in gans Louisiana. In New Orleans alleen al zamelt hij 1.100 $ in! Een deel van het ingezamelde geld is voor de ongelukkige Potawatomi indianen (die eens te meer moeten verhuizen), een ander deel is voor de indiaanse meisjesschool van zuster Duchesne, maar met de rest van de opbrengst kan Pierre-Jean zijn reductie in de Rotsbergen starten.
Op 24 april vertrekt De Smet aan boord van de Oceana uit St.-Louis richting Westport, samen met pater Gregorio Mengarini , broeder Charles Huet, Joseph Specht en Willem Claessens. Mengarini is een Italiaanse linguïst en muzikant. Huet komt uit Kortrijk, Specht is een smid uit de Elzas en Claessens een timmerman uit Berendrecht. Door de lage waterstand kan de Oceana niet snel varen. Pas 7 dagen later komen ze in Westport aan en onmiddellijk nemen ze samen met pater Nicolas Point de laatste schikkingen voor de lange, vermoeiende en vooral gevaarlijke trektocht over land. Ze kopen 6 wagens met de nodige paarden en muilezels. Deze keer kunnen de jezuïeten niet mee met de AFC-brigade, omdat het jaarlijks rendez-vous van de pelsjagers gestopt werd. Met de pelshandel gaat het bergaf. Gelukkig ontmoeten de missionarissen een werkloze pelsjager die toestemt om hen naar de Green rivier te gidsen. Het is de 42-jarige Thomas Fitzpatrick. Deze huurt ook een aantal van zijn ex-collega's in, allemaal ervaren Frans-Canadese trappers, zoals Ignace Hatchiorauquacha (John Gray).
Op 10 mei vatten de missionarissen met hun gidsen de grote reis aan. Te paard naast 5 tweewielige karren, elk door 2 muilezels getrokken, rijden ze het grote avontuur tegemoet. Ze zijn niet alleen onderweg. Dat jaar zijn er meer emigranten die per huifkar over land naar Oregon of Californië willen trekken. Al die wagens komen samen aan oevers van de Kaw rivier, ongeveer ter hoogte van de huidige stad Topeka in Kansas. Bij dat eerste obstakel wordt beslist om samen te werken. Een wagentrein wordt gevormd, er worden leiders aangeduid en regels opgesteld. De 70 volwassenen en kinderen van de Western Emigration Society, onder de leiding van John Bidwell (21), vormen de kern van de groep. Voor de meesten is het de eerste keer dat ze zo'n grote reis ondernemen. John Bartleson wordt leider van de emigranten (voortaan de Bartleson-Bidwell party genoemd) en Thomas Fitzpatrick wordt de gids voor de trein van 25 wagens. Een paar dagen later worden ze ingehaald door een groepje van 5 onder de leiding van een zekere Joseph B. Chiles. Op 27 mei sluit ook de protestantse dominee Joseph Williams, alleen op weg naar Oregon, zich bij de groep aan. De leiding van de karavaan eist van de emigranten een bijna militaire discipline. Alles gebeurt op commando : wekken, vertrekken, stoppen, eten, kamperen, slapen en waken. Vooral 's nachts moet de kraal (kamp van in een cirkel of vierkant verbonden wagens) bewaakt worden, ook door de geestelijken. Op de ganse tocht valt er slechts één dode (een dom ongeval met een geweer). 2 paartjes huwen en de jezuïeten dragen in hun tent de mis op. Bij De Smet en de overige missionarissen groeit de bewondering voor de kennis en de kunde van Fitzpatrick en uiteindelijk worden de missionaris en de ex-trapper vrienden voor het leven.
De karavaan volgt het spoor dat stilaan de traditionele weg naar Oregon wordt. Tussen de Kaw en de Big Blue rivier heeft een lid van de groep, Nicholas Dawson, een onverwachte ontmoeting met grote groep Cheyenne indianen. Door de tussenkomst van Fitzpatrick en Gray blijft de sfeer vriendschappelijk. Ter hoogte van de South Platte kruist de karavaan het pad van een langgerekte kudde op hol geslagen bizons. De wagens dreigen onder de voet gelopen en vertrappeld te worden. Dank zij het afslachten van enkele dieren, kan de koers van de hoofdkudde zodanig verlegd worden dat alle gevaar wijkt. De volgende dagen staat er in ieder geval bizon op het menu. Het is heet. Op een dag komen ze in zeer zwaar onweer terecht en ontsnappen nauwelijks aan de verwoestende krachten van een windhoos. Ter hoogte van de Lower California Crossing (nu Brule, Nebraska) steken ze de South Platte over. Daarna volgt de karavaan de zuidelijk oever van de North Platte langs Chimney Rock en Scott's Bluff om op 22 juni fort Laramie te bereiken. Na een korte pauze trekken ze verder naar het westen. Ter hoogte van de huidige stad Casper, Wyoming, steekt de karavaan de North Platte rivier over. Het water staat erg hoog en zowel de paarden als de muilezels moeten zwemmen. Door de sterke stroming kapseist een kar en een muilezel verdrinkt. Via de Sweetwater rivier trekken ze voorbij Independence Rock. Daarna gaat het over de South pas en op 24 juli staan ze aan de oevers van de Green rivier.
Zonder de uitgelaten pelsjagers ligt de rendez-vous plaats er maar verlaten bij. In de buurt van enkele trappers, waaronder Henry Fraeb, kampeert er een ingetogen groepje emigranten op de terugweg. Een jonge Flathead staat De Smet en de missionarissen op te wachten. Het is de zoon van Ignace, Francis Xavier. De missionarissen reizen verder met de Bartleson-Bidwell karavaan naar Ham's Fork. In Soda Springs aan de Bear rivier gaan de emigranten uit elkaar. Bidwell trekt met de grootste groep naar het zuidwesten, naar Californië. De overige (32) emigranten en de missionarissen vervolgen hun weg met Fitzpatrick naar het noordwesten, richting Oregon. De Smet en Francis Xavier reizen voorop, naar fort Hall van de Hudson's Bay Company aan de Snake rivier. Wanneer De Smet daar op 15 augustus arriveert is hij reeds 115 dagen van St.-Louis verwijderd. De pater en zijn indiaanse gids worden met open armen door de baas van het fort, Francis Ermatinger, ontvangen. Een paar dagen later komen de emigranten met de overige jezuïeten in fort Hall aan. Intussen is ook de indiaanse escorte van De Smet, 20 Flathead krijgers onder de leiding van Bravest of the Brave, bij het fort aangekomen. Op 20 augustus bereikt hen het verontrustend nieuws dat de groep van Bidwell op weg naar Californië door vijandige indianen aangevallen werd. De Smet schrijft een briefje naar John Mc Loughlin in fort Vancouver. Mc Loughlin is de baas van de Hudson's Bay Company in het territorium van Oregon. Ermatinger is bereid om de resterende emigranten persoonlijk naar fort Vancouver te begeleiden en zal De Smet's briefje persoonlijk bezorgen.
De missionarissen vertrekken met hun escorte naar Henry's Fork aan de Snake rivier. Langs de oevers van de Snake maken ze onverwacht contact met 50 Blackfoot krijgers. Een conflict wordt afgewend door de Bannock indianen uit te leggen dat de Flathead slechts zwartrokken escorteren. Boven Henry's Lake steken ze de waterscheiding over om dan westwaarts naar de Beaverhead te trekken. In een beschermde vallei ontmoet De Smet op 30 augustus opnieuw Big Face en de groep Flathead indianen waarbij hij vorig jaar te gast was. In september verhuist het ganse indianendorp via Hell Gate (nu Missoula in Montana) naar de vallei van de Bitterroot. Op 29 september richten ze een kruis op ter hoogte van Stevensville, Montana (48 kilometer ten noorden van Missoula). Met deze symbolische daad wordt de eerste missiepost van de jezuïeten in het noordwesten opgericht : de St.-Mary missie. De Smet droomt ervan om de missieposten voor de indianen naar het model van de 17de-eeuwse reducties in Paraguay te organiseren. In de buurt van St.-Mary overwinteren nog andere stammen : het zijn de Pend Oreille, Nez Percé, Kalispel, Kootenai en Coeur d'Alêne indianen. Een aantal Blackfoot families overwintert ook in de buurt.
Op 28 oktober vertrekt De Smet met 10 Flathead krijgers naar fort Colville (HBC). Het fort bevindt zich een paar honderd kilometer naar het noorden, aan de Columbia, net boven Kettle Falls. Het doel van de reis is voorraden te kopen. Om de reductie te starten moet er volgens de paters dringend kledij, zaaigoed, proviand, gereedschap, landbouwtuig, lastdieren en vee gezocht worden. De Smet wil onderweg ook de bondgenoten van de Pend d'Oreille, de Kalispels bezoeken. De tocht gaat langs de Bitterroot rivier en de Clark Fork. Wanneer hij op zondag 7 november in een kamp van de Kalispels een dagje rust neemt, arriveren via het meer 2 kano's met 8 indianen. Een van hen is Charles, de Flathead die hem vorig jaar als tolk hielp. Hij werkt nu voor de HBC. De indianen brengen een boodschap van dokter Mc Loughlin uit fort Vancouver. De brief, die eind september geschreven werd, bevat een uitnodiging om naar fort Vancouver te komen. Charles reist door naar St.-Mary en De Smet trekt verder naar fort Colville. Onderweg pauzeert De Smet in een ander Kalispel-dorp. Op 15 november bereikt De Smet fort Colville en ook daar worden ze hartelijk verwelkomd door de lokale verantwoordelijke, Archibald Mc Donald. De Smet maakt er kennis met enkele Frans-Canadezen en een opperhoofd van de Kettle indianen. Hij koopt zaaizaad, maar vee is er niet te koop. De Smet en zijn escorte reizen via dezelfde weg terug. Op 8 december, 42 dagen later, komt De Smet veilig en wel terug in de missiepost van St.-Mary langs de Bitterroot rivier aan.
1842
In de lente besluit De Smet in te gaan op de uitnodiging van Mc Loughlin. Op 13 april vertrekt De Smet met Charles en nog 3 indianen naar fort Vancouver. Onderweg kan hij mee met de HBC-boot die de Columbia rivier tot fort Vancouver afvaart. Onderweg bezoekt hij de Kootenai indianen aan de St.-Regis rivier, de Kalispel aan de Pend Oreille rivier en de Coeur d'Alêne langs de Spokane. Ter hoogte van fort Colville en de Kettle watervallen moeten De Smet en Charles een volle maand wachten tot het waterpeil van de Columbia voldoende zakt. Op 30 mei kunnen De Smet en Charles mee met de nieuwgebouwde HBC-boot van Peter Skene Ogden (de ontdekker van de Snake en de Great Basin). Na 2 dagen komen ze aan een indrukwekkende stroomversnelling, veroorzaakt door grote rotsen of dalles midden in de Columbia rivier. De Smet is niet op zijn gemak en vraagt om dit deel van de reis langs de oever van de rivier te mogen afleggen. En dan gebeurt het, de boot van Ogden wordt door een draaikolk naar de kelder gezogen. 5 mensen verdrinken, maar als bij wonder overleeft Charles de ramp. De Smet en Ogden varen verder. Onderweg leggen ze aan in 2 forten van de de HBC, fort Okanagan en fort Walla Walla. Op 8 juni komen ze uiteindelijk veilig en wel in fort Vancouver aan. De Smet sluit onmiddellijk vriendschap met dokter Mc Loughlin. Hij neemt ook contact op met paters Blanchet en Demers die 38 kilometer verder in de Willamette-vallei in de St.-Paul missie bij de Frans-Canadezen werken.
Op 30 juni verlaten De Smet en zijn gids fort Vancouver op een transportschip van Ogden. Zeilend en roeiend bereiken ze 2 weken later fort Walla Walla. Daar toont Charles De Smet een alternatief indiaans pad naar St.-Mary. Het pad loopt via de Snake rivier, dwars door de Spokane woestijn naar het zuidelijkste puntje van het Coeur d'Alêne meer en dan langs de St.-Joe rivier. Aan de andere kant van de bergen ligt de missiepost Op 27 juli arriveren De Smet en Charles terug in St.-Mary. Pater Mengarini is er alleen. Point is met de Flathead op jacht getrokken.
Na 5 dagen rust gaan De Smet en Charles op zoek naar de jagers. Ze volgen de Bitterroot tot aan de bron (Ross's Hole) en trekken over de Gibbon pas. Daarna volgen ze de Big Hole rivier naar het oosten, om via de Beaverhead Three Forks te bereiken. Daar, in de buurt van de Jefferson en Madison rivieren, vinden ze op 15 augustus de jagende Flathead. Point stelt zich kandidaat om een missie bij de Blackfoot indianen op te richten. De Smet voelt er niet veel voor. Die kerels zijn te gevaarlijk. Point protesteert, maar het besluit van De Smet staat vast : terwijl Mengarini voor de Flathead en de Pend d'Oreille blijft zorgen, zullen Point en Huet samen een nieuwe missie bij de Coeur d'Alêne opstarten.
En dan wil De Smet zo snel mogelijk terug naar de V.S. Op 25 augustus vertrekt hij met een kleine escorte van 10 krijgers. Te paard reist hij nogmaals door de Yellowstone woestijn. De Smet weet intussen hoe gevaarlijk die streek is en hij neemt geen risico's. In 3 dagen legt de escorte 240 kilometer af. Langs de oevers van de Yellowstone worden ze weer goed ontvangen in een groot kamp van bevriende Crow indianen. De Smet bedankt de escorte en met de jonge Ignatius, Gabriël (een Cree) en 2 Amerikanen, die toevallig bij de Crow verblijven, rijdt De Smet in 6 dagen naar fort Union. De tocht voert hen langs de oevers van de Yellowstone rivier waar het wemelt van elkaar bestrijdende Assiniboin, Cheyenne, Blackfoot en Sioux indianen. Op een bepaald moment vinden ze de vreselijk verminkte lichamen van 10 vermoorde Assiniboin krijgers. De schrik zit er goed in en ze rijden tot laat in de avond aan één stuk door.
Het is 10 september wanneer ze zonder incidenten in fort Union aankomen. In het fort kunnen ze een paar dagen op verhaal komen. Maar het is nog een lange reis naar St.-Louis. Om tijd te winnen besluit De Smet om deze keer toch te proberen om de Missouri af te varen. Hij koopt een kano en zodoende paddelen Ignatius, Gabriël en De Smet enkele dagen later stroomafwaarts op het bruine water van de machtige rivier die de Amerikanen de Big Muddy noemen. Na 3 dagen op de Missouri komen ze de stoomboot Omega van de AFC tegen. De bemanning nodigt hen uit om terug mee naar fort Union te varen en om hen daarna naar St.-Louis mee te nemen. De Smet neemt dat aanbod gretig aan, niet in het minst omdat er langs de oevers van de Missouri steeds vaker strijdlustige indianen gesignaleerd worden. De tocht met de Omega is ook niet zonder gevaar. Op sommige plaatsen is de Missouri erg ondiep. Het komt erop aan om de vele zandbanken, onzichtbare rotsen en boomstronken te ontwijken. Op een zeker ogenblik kraakt een scheprad en een andere keer blaast een windhoos de stuurcabine omver. Het is een wonder dat de danig beschadigde Omega 64 dagen later, op de laatste zondag van oktober, in St.-Louis kan aanmeren. Hoe dan ook De Smet is na 8.000 kilometer weer veilig thuis en hij laat niet na om in de kathedraal van St.-Louis zijn opdrachtgever te bedanken.
In november richten paters Point en Huet hun missie bij de Coeur d'Alêne aan de Spokane rivier op. De missie staat op een kilometer afstand van het noordeinde van het Coeur d'Alêne meer. Onder de leiding van De Vos zal de Sacred Heart missie in 1843 verplaatst worden naar een plek een kilometer stroomopwaarts van de St.-Joe rivier.