1834
Begin januari bereikt het zeilschip het Europees vasteland. Na zijn ontscheping in Le Havre reist De Smet zo snel hij kan naar het jonge België door. Op 6 januari heeft hij in Gent eerst nog een onderhoud met de provinciaal, pater Van Lil . Maar een paar dagen later kan hij dan eindelijk terug naar zijn geboortestad Dendermonde.
Wat een vreemd gevoel, na 14 jaar terug thuis! Intussen is er wel een en ander veranderd. De stoel van zijn vader is leeg. Zijn oudste zus Rosalie, die zowat de rol van moeder voor de jongere kinderen op zich genomen had, is met Charles Van Mossevelde getrouwd en Charles en François hebben zich opgewerkt in de magistratuur.
De Smet bezoekt de ouders van de jezuïeten die in St.-Louis achtergebleven zijn. Daarna neemt hij contact op met een aantal weldoeners. Het zijn Peter De Nef uit Turnhout (wijnhandelaar en textielfabrikant), de aartsbisschop van Mechelen, rector De Ram van de katholieke universiteit van Leuven, bisschop Van Bommel en madame de Theux. Hij bezoekt Namen, Bergen, Doornik en Brussel. In Engien wordt hij door een lokale priester op het spoor gebracht van een waardevolle bibliotheek van de augustijnen. Hij koopt ze voor de universiteit van St.-Louis. Hij reist nog naar Erps-Kwerps, Aarschot, Scherpenheuvel, Diest, Zandhoven en Antwerpen. Overal zamelt hij geld in. Dan gaat hij naar Rijssel, Arras en Amiens. In Frankrijk koopt hij een compleet laboratorium plus een verzameling mineralen. Langs Kortrijk reist De Smet terug naar België om met Van Lil de geplande fusie wat uitvoeriger te bespreken. De jezuïetenprovincie van België met zijn 150 paters vindt het plan om met het verre Missouri in de V.S. te fuseren nogal ambitieus. De Nef, die een seminarie beheert, heeft intussen voor 5 rekruten gezorgd, waaronder Peter Verheyden uit Dendermonde en Charles Huet uit Kortrijk. Tijdens zijn verblijf in België wordt de schilderij van Pierre-Jean gemaakt die nu in het Stedelijk Museum van Dendermonde hangt. Na 9 maanden collecteren heeft De Smet 60.000 $ bijeengebracht.
Na de zomer is het tijd om terug te keren, maar door zijn inspanningen in Europa is De Smet nog niet volledig op krachten kunnen komen. In oktober vertrekt hij naar Antwerpen om er zijn overtocht voor te bereiden. Hij heeft 50 kisten vol met kleren, liturgisch materiaal, schilderijen, boeken, instrumenten en ander wetenschappelijk materiaal. Na een verblijf van 10 maanden ziet De Smet er tegenop om nogmaals van zijn familie afscheid te moeten nemen. Ook deze keer weet hij niets beter dan onaangekondigd te vertrekken.
Op 30 oktober schrijft De Smet een laatste brief naar zijn broers en zussen en de dag nadien, op 1 november, vertrekt hij vanuit Antwerpen met zijn nieuwe rekruten en zijn waardevolle vracht op de brik Agenoria naar het verre Amerika. Op 3 november varen ze ter hoogte van Vlissingen het zeegat uit. Maar voor de kust van Kent woedt een hevige storm en De Smet wordt zó zeeziek dat hij in Deal ontscheept moet worden. Door hevig braken heeft hij namelijk zware inwendige bloedingen gekregen. De Smet is in levensgevaar! 2 dokters lossen elkaar af om hem dag en nacht te bewaken. De kapitein van de Agenoria wacht 2 dagen op beterschap, maar wanneer de dokters te verstaan geven dat het herstel van De Smet minstens 14 dagen zal duren, besluit de kapitein door te zeilen. Voor de rekruten zit er niets anders op dan mee te varen, zij het dan onder de leiding van Verheyden. Voor de kust van Newfoundland verliest de Agenoria nog een volle maand door de ongunstige wind. Maar op 23 december komt het schip veilig en wel in New York aan.
Zodra De Smet vervoerd kan worden, verhuist hij naar een naburig dorp waar het logies wat goedkoper is. Op 11 november kan hij terug een beetje lopen en 3 dagen later reist hij naar Londen waar hij door een priester (Jan Nerinckx, de broer van Charles Nerinckx), opgevangen wordt. De Engelse dokters adviseren De Smet om niet meer naar het harde bestaan aan de grens van de wildernis terug te keren. De Smet is ervan overtuigd dat hij gefaald heeft. Hij wordt depressief, maar Nerinckx weet hem op te beuren. Op 24 november kan De Smet terug naar België reizen.
Hij keert terug naar Dendermonde, waar de Belgische dokters hem een lange herstelperiode aanraden. De Smet is zó ontdaan over zijn zwakheid dat hij bij de leider van de jezuïetenorde, Jan Philip Roothaan, ontslag vraagt.
1835
Eind maart aanvaardt Roothaan het ontslag. De Smet overweegt gewoon priester te worden, maar zijn opleiding heeft van hem een missionaris gemaakt en voor het gewone parochiewerk is hij niet echt in de wieg gelegd. De Smet geraakt terug een beetje ontmoedigd. De bisschop van Gent stelt De Smet aan als boekhouder van een weeshuis en biechtvader van de karmelietessenkloosters in Brussel en Dendermonde. De karmelietessen van Dendermonde willen opnieuw een huis in Aalst openen. Hun klooster werd er ten tijde van Jozef II gesloten. De Smet wil hen helpen en zoekt samen met pater De Vos naar een geschikt pand. Uiteindelijk wordt het voormalig klooster van de annunciaden gekocht (vandaag Hoogstraat 19) en zo wordt de Karmel van Aalst op 2 augustus 1836 hersticht.
De Smet blijft ook schriftelijk contact houden met de missie in Missouri. Hij zamelt geld voor ze in. De missionarissen van Missouri corresponderen met de Belgische provincie via De Smet. Verhaegen die intussen de Theux als provinciaal opgevolgd is, heeft de hoop nog niet opgegeven om beide provincies samen te voegen. De Nef zorgt er nogmaals voor dat er nieuwe rekruten komen. Zo doet De Smet op 23 september 7 jongens uitgeleide naar de haven van Antwerpen waar hun overtocht naar de V.S. zal beginnen. De Smet correspondeert ook met seminaries in Baarle-Hertog en Breda en hij bereidt jonge seminaristen voor die overwegen om naar de V.S. te vertrekken.
1836
De Smet voelt zich een stuk beter en hij verlangt er steeds meer naar om naar Missouri terug te keren. Hij vraagt Roothaan om weer tot de orde toegelaten te worden. Roothaan staat dit uitzonderlijk toe, niet in het minst omdat er in St.-Louis een nijpend gebrek aan missionarissen is. De Paus heeft de jezuïeten de verantwoordelijkheid voor alle missieposten ten westen van de Mississippi en ten noorden van Mexico gegeven.
Stiekem, zonder zijn familie in te lichten, bereidt De Smet zijn vertrek opnieuw voor. Deze keer zal hij met 4 missionarissen uit Le Havre naar de V.S. vertrekken. Een van die rekruten is Arnold Damen. Onderweg krijgt De Smet weer hevige koorts, met als gevolg dat ze 8 dagen in Parijs moeten blijven. Wanneer de koorts zakt kan het groepje naar Le Havre vertrekken. Maar in de havenstad flakkert de koorts weer op en langs de kade beslist De Smet, met grote tegenzin, om de 4 jongens alleen te laten vertrekken. Het is echter nu of nooit en in extremis doet hij een wanhopige poging om alnog aan boord te geraken. Hij vraagt een klein scheepje om het transportschip, dat intussen reeds uitgevaren is, achterna te zeilen. De poging lukt, De Smet kan nog net mee. En hij heeft nog meer geluk, want tijdens de overtocht wordt hij steeds beter en bovendien heeft hij veel minder last van de gevreesde zeeziekte.
Op het einde van oktober, precies één maand na hun vertrek uit Le Havre op 26 september, komt de haven van New York in zicht. 3 weken later doet Pierre-Jean De Smet opnieuw zijn intrede in het noviciaat van Florissant en op 29 november wordt onze missionaris door pater Verhaegen, de provinciaal van Missouri, terug tot de jezuïetenorde toegelaten.