1837
Durante los cuatro años de ausencia de Pierre-Jean, Saint-Louis creció mucho. El número de habitantes se duplicó (15.000) y los colonos franceses y españoles perdieron su supremacía. La población ahora incluye 6.000 inmigrantes alemanes.
Bajo la guía experta de Elet y gracias a la presencia de muchos educadores de renombre como el Padre Vandevelde, la Universidad de Saint-Louis es un gran éxito. La biblioteca de la universidad tiene miles de libros. La ayuda financiera belga también apoyó en gran medida a las parroquias de Florissant y Saint-Charles. En las paredes del noviciado incluso cuelgan varias obras de maestros flamencos. Hay no menos de 61 jesuitas activos en la misión.
El Congreso de Estados Unidos aprobó un plan para deportar a 200.000 indios del este de Estados Unidos al oeste. Reciben un nuevo hogar más allá del Mississippi. Al mismo tiempo, Roma autorizó la creación de misiones entre estos indios desplazados. El padre Van Quickenborne trabajó recientemente durante algún tiempo con ellos (Iowas y Osages). El año anterior se instaló con Christian Hoecken y tres hermanos legos cerca de los Kickapoos en el norte de Kansas. La vida es dura allí. La salud del Padre Van Quickenborne se vio afectada y fue llevado a Portage-des-Sioux cerca de Florissant para morir allí el 17 de agosto. El padre Verreydt se une a Christian Hoecken para ayudarlo con los Kickapoos. La opinión de la mayoría de los jesuitas sobre el comportamiento de los indios sigue siendo siempre negativa. Son infieles, rebeldes, ladrones, vagos y esclavos de la bebida. La desconfianza mutua es recíproca. Un año después los kickapoos dieron definitivamente la espalda a la misión de seguir el ejemplo de los indios de las praderas y volver a ser cazadores libres.
A pesar de todo, los jesuitas de Missouri no se dieron por vencidos y decidieron instalar una segunda misión en la desembocadura del Nebraska. Una gran cantidad de indios Potawatomi viven allí después de verse obligados a abandonar las áreas alrededor de Chicago, Michigan. Recibieron a lo largo del Missouri, no lejos de la desembocadura del Nebraska (el Platte), una nueva residencia y acamparon en lo alto de Council Bluffs, justo enfrente de la actual ciudad de Omaha. Desde hace algún tiempo los Potawatomis han estado pidiendo ayuda. Durante los meses de verano el Padre Verreydt y el Hermano Mazelli buscan acercarse a ellos para examinar la posibilidad de iniciar una misión en su casa.
1838
El 26 de enero, De Smet escribió una carta de la que se desprende que esperaba fervientemente que se le encomendara este trabajo. Su deseo coincidió con el del Padre Verhaegen y el 2 de mayo De Smet partió en el vapor Howard vía el Misuri hacia su nuevo puesto misionero. El 10 de mayo lo esperaban en Fort Leavenworth el padre Félix Verreydt y el hermano John Mazelli. El Howard teniendo todo tipo de problemas técnicos, los pasajeros fueron trasladados al Wilmington. El Missouri es un río de difícil navegación, sembrado de obstáculos, islotes, bancos de arena y bajíos. Pocos habitantes a lo largo de las orillas. El río discurre entre altos acantilados con oscuras cuevas, a través de espesos bosques o interminables estepas, más conocidas como la pradera. La corriente es fuerte. Para avanzar, un barco debe tener calado suficiente y llevar su potencia al máximo. Perpetuamente nos acercamos al peligro de los bajíos, los obstáculos invisibles o la explosión de la caldera. Cuando el barco se detiene para repostar (esto requiere cortar madera), De Smet visita a los indios locales: los Iowas, los Sauks, los Otos.
Después de un viaje de 29 días, desembarcaron en la playa del lago Manawa, un canal lateral que se bifurca desde el Misuri. Allí se quedaron con 2.000 indios esperándolos con indiferencia. Su líder, William (Billy) Caldwell, un mestizo de ascendencia irlandesa, dio la bienvenida a los misioneros y les ofreció tres cabañas en las cercanías de su campamento, cuatro millas más al norte. De Smet y sus compañeros aceptan la invitación con agradecimiento. Una de estas chozas había sido ocupada un año antes por el coronel Stephen Watts Kearny durante una campaña para proteger a los 3.000 potawatomi llegados desde Indiana e Illinois contra los ataques de sus vecinos, los temibles indios sioux. El territorio donde los Potawatomis se ven obligados a establecerse está en el oeste de Iowa. Es el coto de caza de los sioux, y preferirían ver a los invasores en otra parte.
Se construyó una cabaña de troncos para servir como iglesia de la misión. Al lado de la Iglesia de San José los misioneros están construyendo más cabañas. De Smet se da cuenta rápidamente de que los Potawatomi tienen algunas deficiencias. Son más bien perezosos que cansados, mantienen varias esposas, juegan y son esclavos de la bebida. De Smet inmediatamente toma la pluma. Acude al gobierno de los Estados Unidos, pero el liderazgo jesuita diluye su reclamo contra el comercio de licores. A veces, varios cientos de indios están enfermos al mismo tiempo. No tienen defensa adquirida contra las enfermedades que trajeron los europeos, y cuando hay una epidemia el número de víctimas es enorme. De Smet cree que la suciedad es la principal causa de este estado de cosas. Comienza una pequeña escuela y pronto una treintena de niños asisten regularmente a clases. Los Pawnees-Wolves y los Omahas visitan a los misioneros. De hecho, todos viven en el desierto. Durante los meses de invierno, los misioneros tenían que usar armas de fuego para protegerse de los osos agresivos y los lobos hambrientos.
(El puesto de la misión estaba aproximadamente en la esquina de Pierce Street y Union Street en lo que ahora es Council Bluffs).
1839
Después del invierno, cuando se rompe el hielo en el Misuri, los barcos pueden viajar nuevamente por el Misuri en dirección oeste. El 20 de abril llega un barco para abastecer a la misión. Pero al atracar y bajo los ojos de De Smet, se hundió con más de 1000 dólares en equipo a bordo. Una sierra, un arado, un par de botas y un poco de vino, eso es todo lo que De Smet puede ahorrar.
Los Potawatomi son amenazados regularmente por otros indios. Los Otos, Pawnees y Sioux recogen sus cabelleras. Son especialmente los terribles indios sioux quienes periódicamente reclaman bajas entre los potawatomis. De acuerdo con Bill Caldwell, De Smet decide buscar al enemigo, los Yankton Sioux. Partió por el St-Peter de la American Fur Company (AFC) hacia la desembocadura del río Vermilion. A bordo conoció a los exploradores Joseph Nicollet y John Frémont, y también al botánico alemán Charles Geyer. Debido a la bajamar, fuertes vientos en contra, bancos de arena y otros impedimentos, el viaje a la desembocadura del Vermilion dura 12 días.
Los Yankton Sioux escuchan cortésmente lo que De Smet quiere decirles. Aboga por sus indios Potawatomi y los Yankton aceptan sus propuestas de paz. Dos remeros de Yankton llevan a De Smet de regreso a Council Bluffs. Pero a su llegada parece que los Potawatomi han cometido más de cien asesinatos entre ellos, todos bajo la influencia del aguardiente maldito que les vendieron muchos blancos inconscientes. En agosto, De Smet ya no puede soportarlo. Está considerando cerrar la misión.
El 18 de septiembre se presentó la cuarta y última delegación de los Flatheads. Está formado por Ignace La Mousse y Pierre Gaucher, dos indios católicos Flathead. Vienen de las Montañas Rocosas y van de camino a Saint-Louis para pedir un Robe Noire. De Smet les da una carta para el padre Verhaegen.
A su llegada, Rosati y Verhaegen prometen enviar un misionero a los Flatheads. Pierre Gaucher se marcha inmediatamente para llevar la buena noticia a los Flathead. Ignace La Mousse pasará el invierno en la misión Kickapoos en Kansas. La primavera siguiente guiará a los misioneros hacia Occidente. Con Gaucher se entiende que nos encontraremos con los jesuitas a finales de junio a la orilla del río Verde o Verde. Allí se organiza anualmente una reunión de tramperos, comerciantes de pieles e indios.